岳阳市中心医院小儿外科为医院重点发展的特色专科，是集医疗、科研、教学为一体的外科中心，主要治疗病种包括肠套叠、阑尾炎、急腹症、腹壁疝、麦克尔憩室炎，小儿各种体表肿块、实体肿瘤、血管瘤、淋巴管瘤、腮源性囊肿/瘘、甲状舌骨囊肿、食道裂孔疝、先天性胆道扩张症（胆总管囊肿）、肠梗阻等。

常规开展各类消化道畸形的规范化手术和综合治疗（先天性巨结肠及类源病、先天性直肠肛门畸形、各类前庭瘘、会阴瘘、尿道瘘、肠重复畸形等）。