西南医科大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科前身为成立于1951年11月的川南医院五官科，1985年4月，耳鼻咽喉科独立建科，2001年8月科室顺应学科发展，并与国际接轨，率先在省内将耳鼻咽喉科正式更名为耳鼻咽喉头颈外科。
经过几代人的艰苦奋斗和共同努力，西南医科大学附属医院耳鼻咽喉头颈外科已成为川、滇、黔、渝三省一市结合部耳鼻咽喉头颈外科临床、教学和科研中心，是西南医科大学（临床医学院）临床医学专业学位博士研究生培养点和耳鼻咽喉科学硕士学位授权点，四川省医学甲级重点学科，国家住院医师规范化培训基地及四川省专科医师规范化培训基地，国家卫健委及中国残联“贫困聋儿人工耳蜗抢救性康复项目”定点手术医院。
四川省新生儿听力障碍诊治泸州分中心，全国耳鼻咽喉头颈外科联盟成员单位，国家耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心网络成员单位，中国听力健康联盟成员单位，重庆市耳鼻咽喉头颈外科跨区域专科联盟副理事长单位，西南医科大学附属医院文化建设示范科室，耳鼻咽喉头颈外科学是国家来华留学生临床医学专业本科教育（英语授课）精品在线开放课程和西南医科大学精品课程。
该科技术力量雄厚、设备先进、人才济济。科室现有住院病床111张，各级医护人员64人，技师4人，其中高级职称12人，中级职称11人，初级职称45人，包括博士8人，在读博士1人，硕士15人，博士后指导教师1人，西南医科大学临床医学专业学位博士研究生指导教师1人，硕士研究生导师10人，四川省卫健委学术技术带头人和后备人选各1人，四川省临床技能名师2人，英国牛津大学、德国波恩大学和美国埃默里大学访问学者4人。
科室分为忠山病区和康健中心病区两个病区，下设有6个临床亚专业组（耳科学组、鼻科学1组、鼻科学2组、咽喉及气管食管科学组、头颈外科学组、咽喉头颈外科学组）和5个特色诊疗部（听力言语疾病诊疗部、人工耳蜗医学部、睡眠呼吸疾病诊疗部、耳鼻咽喉内镜诊疗部和变应性鼻炎诊疗部）。
其中耳科学组、鼻科学1组和2组位于科室忠山病区，咽喉及气管食管科学组、头颈外科学组、咽喉头颈外科学组位于科室康健中心病区，并于2019年8月在科室康健中心病区下设成立中德头颈肿瘤病房，2017年5月在科室忠山病区开设耳内科专病门诊，2022年10月在科室康健中心病区开设儿童耳鼻咽喉头颈外科专病门诊。常规开展耳鼻咽喉头颈外科疾病的诊治、手术及随访、耳聋伤残或病残鉴定、嗓音评估及聋哑康复、助听器验配等。
在头颈肿瘤手术切除和功能修复、尤其是喉癌部分喉切除及喉功能重建、保留喉功能下咽癌切除，喉气管狭窄成形、全喉切除术后食管发音语训、鼻内镜外科手术、耳显微外科手术、人工耳蜗植入术、喉显微外科手术、阻塞性睡眠呼吸疾病诊断及多平面手术治疗、嗓音评估、耳聋鉴定及康复、变应性鼻炎免疫诊断与治疗等方面达到省内一流和国内先进水平。科室年门诊量11.4万余人次，年住院病人4800余人次，年手术3500余台。
科室拥有德国ATMOS耳鼻喉多功能综合诊疗台，德国KARLSTORZ耳内镜、鼻内镜、支撑喉镜、小儿支气管镜及高清摄像系统、日本PENTAX和OLYMPUS电子鼻咽喉镜、美国ArthroCare低温等离子系统、澳大利亚Compumedics多导睡眠监测仪、美国LUMENISCO激光、德国LEICA/ZEISS手术显微镜、德国KARLSTORZ、SPIGGLE及美国MEDTRONIC耳鼻喉手术综合动力系统。
美国MEDTRONIC神经监护仪、德国ATMOS频闪动态喉镜及嗓音分析系统、英国GM鼻咽声反射仪、鼻呼吸量仪及鼻阻力仪，丹麦尔听美Madsen及Conera听力计，美国GSITympstar中耳分析仪、美国Bio-logic及IHS听觉脑干诱发电位仪、德国Natus听力筛查仪、丹麦MadsenFONIX-7000助听器测试系统、丹麦ICS冷热刺激仪、甩头实验仪和眼震电图等多种先进进口设备。
科室承担了西南医科大学留学生、研究生、本科生、专科生及卫校生等各层次教学工作。自1995年开始在国内较早招收临床医学眼耳鼻喉方向本科生，有近10届300余名学生毕业。2008年成为四川省、2015年成为国家住院医师规范化培训基地以及四川省专科医师规培基地以来，有100名学员参加培训。
此外，科室长期负责周边和四川省部分地区医院本专业进修医生的培养，近年来每年培养进修医生5名左右。2000年成为泸州医学院中西医结合临床耳鼻咽喉科学硕士学位授权点和2003年成为泸州医学院临床医学耳鼻咽喉科学硕士学位授权点后，科室已先后培养硕士研究生165名，毕业125人，其中18人继续攻读博士学位，毕业后已成为各单位的业务骨干或学科带头人。
近十年来，全科医护人员在国外及国内各级学术刊物上发表学术论文300余篇，其中SCI收录40余篇，主、参编专著10余部，主持国家、省、厅局级等各级科研课题60余项，获省、市人民政府科技进步奖10余项，多项成果经鉴定认为达到省内领先、国内先进或领先水平，新近完成科研成果“头颈肿瘤发生发展机制研究及临床治疗”经专家鉴定认为整体达到国际先进、国内领先水平，并获2018年度四川省科技进步二等奖。
目前已形成了头颈肿瘤基础与临床、耳科疾病的基础与临床研究、耳内科学、听力言语疾病基础与临床、鼻感染及变应性疾病基础与临床等研究方向，并招收上述方向博士和/或硕士研究生。科室包括学科带头人覃纲教授在内，多人分别担任国家级学（协）会专委会常务委员、委员，国家级杂志常务编委、编委，省级（医）学会专委会和医师协会主任委员、副主任委员、副会长、委员以及市级医学会专委会主任委员、副主任委员等学术职务。
科室多次成功举办包括全国中西医结合耳鼻咽喉科2014学术年会、中德耳鼻咽喉头颈外科国际学术论坛、国家级继续教育项目——鼻内镜诊疗技术应用和新进展学习班、头颈肿瘤器官功能保全外科治疗新进展和四川省医学会耳鼻咽喉头颈外科专业委员会第十九次学术会议等大型学术活动。
目前与北京同仁医院、北京大学人民医院、复旦大学附属眼耳鼻喉医院、上海交通大学附属第一和第六人民医院、中山大学附属第一医院、重庆医科大学附属第一医院、四川大学华西医院、英国牛津大学、德国波恩大学、美国埃默里大学、韦恩州立大学、泰国清迈大学等国内外医院（学校）建立了长期、稳定的学术交流和合作关系。
在中科院中国医院科技影响力排行榜中科室连续两年（2016、2017年）排名四川省第三，2019年首次进入中国医学科学院中国医院/医学院校科技量值（STEM）排名全国耳鼻咽喉科学前100强（97），2020年再次进入排名并提升16位（81），2021年第三次进入并跃升至67名（再次提升14位），获首个全国五年排名（56名）。
科室在医院2017年度年终考核中获得临床科室综合管理二等奖（全院排名第二）以及2021年度“教学工作优秀奖”第一名。并在2017年四川省三级医院耳鼻咽喉科医疗服务能力和服务质量评价中获得第三名，2018、2019、2020年和2021年连续四年获得全省第二名。2018年和2019年科室两次获得复旦大学专科声誉排行榜西南区提名（第九），2020和2021年再获提名并升至西南区第七，获得医信天下2020年“中国医院影响力排行榜”耳鼻喉榜43名。
主要诊治疾病范围：
1、耳鼻咽喉头颈部先天性畸形。
2、耳鼻咽喉头颈部变态反应性及感染性疾病。
3、耳鼻咽喉头颈部、气管及食管异物。
4、耳鼻咽喉头颈部良、恶性肿块或肿瘤。
5、耳鼻咽喉头颈部创伤。
6、头颈部先天性疾病，包括囊肿和瘘管等。
7、小儿、成人鼾症或阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征（OSAHS）。
8、耳鸣、耳聋、眩晕。
9、嗓音及言语疾病。
科室主任：
覃纲教授、主任医师、医学博士、博（硕）士生导师、博士后指导教师、英国牛津大学和德国波恩大学访问学者
副主任：
李雷激教授、主任医师、医学硕士、硕士生导师
姜梁副教授、副主任医师、医学博士、硕士生导师、美国埃默里大学访问学者。