重庆三峡中心医院儿童分院小儿外科是目前渝东北地区惟一的儿童专业手术学科。设编制床位50张，医护人员共30人，高级职称3名，中级职称9名，硕士研究生2名，是星级护士站、全院首批优质服务病房。

设置有儿童普通外科、胸外科、骨外科、整形科、泌尿外科、肿瘤外科、新生儿外科等亚专业，拥有专业手术室和麻醉师团队，有儿童外科重症监护室，围手术期有治疗有保障，常年开展如先天性巨结肠、尿道下裂、肾母细胞瘤、肾上腺肿瘤、肾积水、胆总管囊肿、鸡胸、动脉导管未闭、食管闭锁、马蹄内翻、弹性髓内针骨折内固定术等，年手术量2000台，门诊量110000人次。设备有德国STORZ小儿气管镜、小儿乙状结肠镜、新生儿保温箱、辐射抢救台、微量输液泵、推注泵、监护仪等设备。

其中开展的腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾微创治疗术、隐匿阴茎微创整形延长术、漏斗胸矫形术、支气管物取出术等达到了重庆市级先进水平。门诊常年开展血管瘤、淋巴管瘤、瘢痕注射治疗技术。