重庆市第六人民医院药学部，是集药品采购、供应、临床药学、经济管理、药学服务及贯彻执行药政法规为一体的综合性医技科室。现已形成集医院药学、科研、教学为主体的专业医技科室。

目前药学部下设门诊药房、住院药房、花园路分院药房、药品库房、中药房及煎药室、临床药学室6个部门，共有在职员工31人，高级职称2人，中级职称6人，执业药师11人。其中硕士研究生7人，本科19人，大专以上学历人员占全科总人数91%。1人担任重庆市医院协会药事管理专业委员会委员，1人担任重庆药学会医院药学专委会委员和中华预防医学会自由基医学专委会委员。科内曾获得市级、院级科研项目各一项，发表论文十余篇，参与专著编辑一部，开展药学专业学生带教工作。被原重庆市卫生局和药品监督管理局授予“放心药房”称号。

为适应医院药学发展，药学部的工作重心已由传统的以保障药品供应为主的工作模式逐步转变为以病人为中心的药学服务模式，积极开展药师服务临床、处方医嘱点评、用药咨询、不良反应监测、抗菌药物专项治理、《药讯》编写等临床药学工作，以遵守相关法律、法规和规范，提供符合伦理和职业标准的临床药学服务，保证病人用药安全、有效、经济作为药学部新的工作目标。