深圳市儿童医院外科门诊位于医院A楼4楼，设有诊室14间、换药室4间、石膏室1间和斜颈治疗室1间。除外科综合门诊外，专科专病门诊配备齐全，设有普外科、骨科、泌尿外科、胸心外科、神经外科等专科门诊。
外科门诊还开设了腹股沟疝、髋关节发育不良、肌性斜颈、脊柱侧弯、隐睾、尿道下裂、肾积水、先天性心脏病、癫痫、血管瘤等专病门诊。门诊量逐年增多，2019年接诊病人近28万人次。
深圳市儿童医院小儿外科是深圳市重点专科，病人来源覆盖深圳及周边省市，如东莞、惠州、中山、佛山、江门、湛江、海南、湖南、湖北等，还有部分外籍患者前来就诊，是华南地区小儿外科诊疗中心之一。各专科门诊诊疗范围如下：
普外科诊疗范围
1、头颈部疾病：如先天性鳃裂瘘及囊肿、甲状舌管瘘及囊肿、先天性梨状窝瘘、颈部淋巴结增大等；
2、肝胆脾胰系统疾病：如胆管扩张症(胆总管囊肿)、胆道闭锁、胆囊胆管结石、门脉高压症伴上消化道出血、门静脉畸形及消化道血管畸形伴便血、球形红细胞增多症等脾脏切除、胰腺囊肿、胰胆合流异常等；
3、消化道畸形：如肠重复畸形、梅克尔憩室、先天性巨结肠、先天性肛门直肠畸形(无肛前庭瘘、会阴瘘、尿道瘘、肛门闭锁、一穴肛)、后天性肛门直肠疾患（女婴感染性直肠前庭瘘、结肠息肉）等；
4、各种腹腔疝：如腹股沟斜疝、鞘膜积液、脐疝、切口疝、膈疝等；
5、肿瘤性疾病：血管瘤、淋巴管瘤、肝母细胞瘤、神经母细胞瘤、肾母细胞瘤、畸胎瘤、横纹肌肉瘤、腹腔及腹膜后肿瘤、卵巢囊肿、卵巢畸胎瘤、横纹肌肉瘤等；
6、新生儿疾病：
①各种新生儿的先天性畸形：如食管闭锁和气管食管瘘、先天性膈疝、先天性肥厚性幽门狭窄、肠闭锁和狭窄、肠旋转不良、环状胰腺、胎粪性肠梗阻、脐膨出、腹壁裂、脐肠瘘、脐尿管瘘、先天性巨结肠、先天性直肠肛门畸形(高、中、低位无肛及各种瘘)等；
②感染：新生儿皮下坏疽、软组织感染等；
③各种早产极低体重的重症外科疾患：如坏死性小肠结肠炎、胃壁缺损穿孔、食道闭锁、膈疝等。
7、小儿急腹症：阑尾炎、肠套叠、各种肠梗阻、美克尔憩室、消化道重复畸形、嵌顿性腹股沟斜疝、胰腺炎、消化道出血、消化道穿孔、软组织感染、急慢性腹痛、腹部外伤等；
8、其他：如腹腔内其他疾病大网膜或肠系膜囊肿、体表肿物、腋窝淋巴结炎、便秘、肛裂、肛瘘、前哨痔、乳房疾病（乳房增生性结节、乳房发育）、小阴唇粘连等。
泌尿外科诊疗范围
包括小儿泌尿生殖系统各种先天性畸形、肿瘤、结石、感染、外伤等疾病，如肾积水、重复肾畸形、巨输尿管症、膀胱输尿管反流、尿道下裂、尿道上裂、重复尿道畸形、阴茎弯曲畸形、阴茎阴囊转位、隐匿阴茎、性别发育障碍（两性畸形）、前列腺囊、隐睾症、肾肿瘤、膀胱肿瘤、睾丸肿瘤、泌尿系结石、泌尿系感染、泌尿系损伤、阴囊急症等。
骨科诊疗范围
1、生长发育异常：包括髋关节发育不良、股骨头缺血坏死、股骨头滑脱、发育性髋内翻、膝内外翻、马蹄足、特发性脊柱侧凸、先天性脊柱侧凸、先天性肌性斜颈、先天性手畸形（多指、并指、巨指等）；
2、肌肉骨骼：肌肉骨骼系统肿瘤；
3、骨关节炎：包括骨关节感染、髋关节滑膜炎、骨关节结核等；
4、骨骼系统综合征和全身性疾病在骨科的表现：包括多关节挛缩、神经纤维瘤病、骨发育不全等；
5、骨骼发育不良：如软骨发育不全等；
6、创伤、骨折：如肘部损伤、手与腕部损伤、脊柱损伤、股骨骨折、膝关节损伤、踝关节损伤等。
神经外科诊疗范围
1、各种类型的脑、脊髓肿瘤：如鞍区、松果体区、桥小脑角区、三脑室、四脑室、脑干等肿瘤；
2、先天性神经外科疾病：包括脑积水、脊髓栓系综合症、Dandy-walker综合症、Chiari畸形、狭颅症等；
3、颅脑外伤：包括脑挫裂伤、硬膜外血肿、硬膜下血肿、硬膜下积液、脑干损伤等；
4、感染性神经外科疾病：如脑脓肿、硬膜下积脓等；
5、难治性癫痫：各种脑叶癫痫及综合症；
6、脑血管疾病：如脑动静脉畸形、烟雾病等；
7、其他：脑瘫。
心胸外科诊疗范围
1、心脏外科：重点从事复杂先天性心脏病外科治疗，诊疗主要疾病包括先天性心脏畸形、后天性心脏瓣膜病、大血管疾病以及心包疾病、心脏肿瘤、ECMO等。
其中先天性心脏畸形包括数种类型，如房间隔缺损、室间隔缺损、房室间隔缺损、肺静脉畸形引流、三房心、左心发育不良、二尖瓣畸形、三尖瓣闭锁、Ebstein畸形、先天性三尖瓣狭窄、法洛四联症、动脉导管未闭、左（右）室流出道狭窄、肺动脉闭锁、主肺动脉窗、主动脉窦瘤、永存动脉干、右室双出口、心室双入口、主动脉缩窄、主动脉弓中断、大动脉转位及错位等。
后天性心脏瓣膜病包括二尖瓣狭窄、二尖瓣关闭不全、三尖瓣狭窄及关闭不全、联合瓣膜病变（二个或二个以上瓣膜病变）、感染性心内膜炎等。大血管疾病包括有主动脉瘤、主动脉夹层等。
2、普胸外科：开展微创手术多年，经验丰富，诊疗疾病包括胸部损伤、胸壁疾病、胸膜疾病、肺部疾病、气管及支气管疾病、纵隔疾病、膈肌疾病、食管疾病等。胸部损伤包括肋骨骨折、肺挫伤、创伤性血气胸等；胸壁及胸膜疾病包括漏斗胸、脓胸、胸膜肿瘤等。
肺部疾病包括肺部肿瘤、肺隔离症等；气管及支气管疾病包括支气管扩张、气管肿瘤等；纵隔疾病包括胸腺瘤、畸胎瘤、胸骨后甲状腺肿、纵隔囊肿、心包囊肿等；食管及膈肌疾病包括食管裂孔疝、膈疝、膈肌膨升等。