武警总医院检验科，下设生化实验室、免疫实验室、微生物实验室、血液实验室、临检实验室、门诊化验室、中心实验室、艾滋病确认实验室等，配备大型全自动生化分析仪、血液分析仪、血凝分析仪、微生物鉴定及药敏分析仪、化学发光分析仪、药物分析仪、尿液分析仪、特种蛋白分析仪等数十台的高档检验设备。

检验科共开展检验项目近300项，除细菌培养检验外均当天标本当天报告，并开展了可根据患者需要，随时送标本，即刻化验的特殊服务，并在国内检验领域较早实行了现代化网络信息化管理。

参加国家卫生部临检中心及北京市临检中心的生化、免疫、血液、微生物等室间质控，年年被北京市评为优秀实验室，检验科曾获武警部队科技成果一等奖1项，二等奖3项等共12项，获国家卫生部颁发的全国控制与预防艾滋病性病先进集体。