昆明医科大学第二附属医院心脏血管外科是集临床、教学、科研为一体的大型临床专科。是云南省心脏血管外科学会主任委员单位，昆明医学院博士、硕士培养点。科内拥有多名从法国、德国、澳大利亚、匈牙利及香港留学回国的知名专家，与国内外多家著名医院有合作关系。心脏血管外科目前有博士4名，硕士2名。

在重症胸外伤、肺癌、食管癌及乳腺癌的诊治方面有丰富的临床经验，冠状动脉搭桥术、复杂先心病、复杂心脏瓣膜病的诊治在省内处于先进水平，特别在胸主动脉瘤、腹主动脉瘤及各种周围血管疾病的手术治疗和微创腔内治疗方面在省内有明显的技术优势。自九十年代在省内率先开展电视胸腔镜微创手术，自2000年在省内首先开展心脏移植，以及胸腹主动脉瘤的微创腔内治疗，多项新技术获云南省科技进步奖。