昆明市延安医院病理科是医院独立设置的专科，是昆明市医学会病理学分会主任委员单位、昆明市病理质量控制中心、国家级住院医师规范化培训临床病理专业基地。占地面积约800余平方米，共有医务人员13名，其中主任医师2人，副主任医师1人、主治医师2人，硕士4人，在读博士1人。病理科分病理诊断、分子病理诊断及病理技术三个亚专业，科室布置合理齐全，设备先进。设有标本接收室、细胞室、取材室、制片室、冰冻室、特殊染色室、免疫组化室、诊断室、资料室、分子病理室及会议室。

病理科为满足临床诊治的需要，开展了分子病理诊断新技术，包括荧光原位杂交（FISH）及人类乳头状瘤病毒（HPV）杂交捕获新技术，使肿瘤患者及HPV感染患者得到精准诊断，为个体化及靶向治疗、预后判断提供客观依据。科室先后承担省级课题3项，发表SCI文章2篇，获省级科技进步三等奖1项。

目前开展的病理技术项目有普通细胞学、液基细胞学、常规石蜡HE切片、特殊染色、免疫组化染色、术中快速冰冻切片、液基寄生虫、细胞蜡块、人类乳头状瘤病毒（HPV）杂交捕获及荧光原位杂交等技术。上述技术成熟，标本充足，标本种类包括手术标本、穿刺标本、腔镜活检标本、体液、分泌物等。涉及呼吸系统肿瘤、消化道肿瘤、中枢神经系统肿瘤、泌尿生殖系统肿瘤、骨软组织肿瘤、内分泌系统肿瘤、头颈部肿瘤、皮肤肿瘤及造血淋巴系统肿瘤等。

分子病理诊断在昆明市处于领先水平，参加“2022年云南省显色原位杂交室间质控活动”，成绩优秀，此技术使少见及疑难肿瘤实现精准病理诊断，并为教学及科研提供技术方法。病理诊断包括细胞学诊断、组织学诊断及术中快速冰冻诊断，对于穿刺活检组织、呼吸系统肿瘤、纵隔肿瘤及早期肺癌的病理诊断，病理科在省内处于领先水平。