中国人民解放军第五十九医院肝胆外科治疗肝癌及其他肝脏肿瘤、肝囊肿、肝硬化门脉高压症、肝外伤、肝功能衰竭肝移植等；胆囊结石、胆囊肿瘤、胆管结石、胆道肿瘤胆道蛔虫症、；急慢性胰腺炎、胰管结石、胰腺肿瘤、胰腺外伤、胰周脓肿等；脾破裂、脾肿大、脾功能亢进、脾肿瘤、脾脓肿；腹膜后肿瘤、腹主动脉瘤、下腔静脉狭窄及腹腔血管疾病。

中国人民解放军第五十九医院肝胆外科拥有先进的诊疗技术和设备，开展以腹腔镜、电子十二肠镜、电子胆道镜联合的肝、胆、胰脾疾病的微创治疗。肝内外胆管结石的手术及内镜治疗，肝胆胰肿瘤的手术介入治疗，急性重症胰腺炎的综合治疗，肝硬化门脉高压、上消化道出血的手术治疗，脾外伤及脾肿瘤、腹膜后肿瘤及腹腔血管疾病的外科治疗。