南方医科大学深圳医院病理科是传统和现代医学认为，临床病理诊断是“法官诊断”，是疾病的最终诊断，其地位和意义是任何临床检查都不能替代的。医学界流行这样一个说法：“最后一句话是要由病理学家来说的”，其深刻意义是不言自明的，病理医生是“医生的医生”的提法为世界公认。
临床病理同时能为临床治疗提供依据，及时有效的病理诊断对针对性治疗有重要意义。
目前，“大病理”的发展趋势，已在国内外有相当多的成功经验。实际上已逐步涵盖传统意义上的许多学科，如临床检验科，输血科，影像学等等，甚至已发展到肿瘤的临床生物学治疗。
病理是其他学科无法替代的重要科研和学科人才培养平台。现代病理学今非昔比，已成为现代医学交叉学科的典型代表。病理研究涉及面最大，层次最深。从尸体、器官及组织等宏观水平到亚细胞结构、蛋白水平、遗传、分子水平、肿瘤生物治疗等微观水平，均在现代病理学的研究范畴内。方法学上，既涉及实验动物，体外实验，也涉及到疾病的活体组织。病理学能够实现机能和结构的相互结合及精准定位，是其他学科无法替代的最大优势，是精准医学和询证医学的重要支撑点。
南方医科大学党委行政非常重视病理科的建设发展，学校领导多次提到，病理科的建设，一定要站在学科建设的高度去思考，去规划，而不是简单建立一所三甲医院病理科，要在深圳这一片热土上从分发扬南方医科大学的文化传统和深厚的学术底蕴，不断壮大南医大病理系在全国的学术影响力，为我国“大病理”事业做点实事。
目前已经开展的具体业务：
1、活检组织、各种手术切除标本病理组织学诊断：对临床病变组织器官的鉴定和分型；
2、恒温冷冻切片术中快速病理诊断：用于手术中各种肿瘤及疾病的快速诊断，为进一步手术提供依据；
3、免疫组化：100余种单克隆抗体用于各种疑难疾病的辅助诊断、分型、肿瘤诊断、鉴别诊断与实验研究， ER、PR、c-erBb-2、HER-2、Ki-67、P53等检测，指导乳腺癌治疗及预后判断；
4、特殊染色：各种疾病辅助诊断与鉴别诊断；
5、细针穿刺细胞学诊断：各种体表肿块、实质性脏器病变细针穿刺细胞学诊断；
6、全自动离心涂片检查：各种体液及分泌物脱落细胞的诊断；
7、液基细胞学检查：妇产科疾病与非妇科疾病癌前病变诊断与筛查；
8、HPV基因分型23型检测：对临床宫颈脱落细胞样本中人头瘤病毒（HPV）DNA进行定性检测并加以分型，直接提示感染HPV基因型别；
9、EBER原位杂交：鼻咽癌、NK/T淋巴瘤等疾病诊断；
10、疑难病理会诊及远程病理会诊；
11、液体活检（CTC）：具有重要意义，目前是深圳市首批开展该项目的单位之一。
12、阴道炎病原筛查。