南方医科大学深圳医院消化内科已建设成为深圳市重点学科、中国医师协会基本消化内镜医师培训基地、国家消化道肿瘤筛查及早诊早治项目协作中心之一、深圳市消化道肿瘤防治联盟协作中心及秘书单位，是深圳市唯一连续两年获得了《复旦版中国医院消化病专科声誉排行榜》“华南区提名奖”的消化内科。
消化内科学科带头人及骨干成员是从南方医院、珠江医院及沈阳军区总医院消化内科等引进的高水平人才，均为国家重点学科、国家临床重点专科骨干成员。科室具有完整的人才梯队，高级职称7人，博士生导师1人，硕士生导师1人，博士6人。深圳市地方级领军人才2人，海外高层次C类人才1人，深圳市宝安区高层次卫生类人才4人。
消化内科下设2个消化病区（72张病床）、内镜中心（14个诊疗室）、专科门诊（5个诊室）。亚专科设置齐全，共有消化道早癌及内镜微创诊疗、胆胰疾病及ERCP、超声内镜及介入诊疗、功能性胃肠病及消化动力性疾病诊疗、炎症性肠病诊疗、静脉曲张精准治疗、小肠镜及胶囊内镜诊疗、肠道微生态诊疗8个亚专科。
消化内科能开展所有消化内镜术式，隧道内镜技术优势明显：学术带头人龚伟主任为中华医学会消化内镜分会隧道内镜学组副组长，在国际上率先开展ESTD术，国内最早开展POEM、ESTD术并在国际最早上发表 ESTD、STER论文的学者之一，常年多次国际及国家会议和兄弟医院进行手术演示。

已开展省内首例G-POEM、华南首例Zenker憩室脊全层切开术、广东省首例十二指肠ESD。STER与POEM数量深圳第一。消化内镜微创切除及隧道内镜技术综合实力达国内领水平，深圳第一。
消化道早癌内镜诊疗水平居国内领先地位：在深圳市牵头成立消化道早癌防治联盟，率先开展社区人群消化道早癌筛查。早癌发现率稳居深圳第一。

胃底腺型胃癌等疑难早癌诊疗量华南第一。消化道早癌ESD数量深圳第一，多位成员获得早癌大赛第一名。
科研实力雄厚。目前在研科研项目共5项，分别是：国家重点研发计划1项、国家自然科学基金面上项目1项、国家自然科学基金青年科学基金项目1项、广东省科技创新战略专项资金面上项目1项、广东省医学科学技术研究基金项目1项。专利1项，待审核专利2项。发表SCI论文21篇，核心期刊7篇，最高影响因子达11.059。