南方医科大学深圳医院眼科是深圳市医疗卫生“三名工程”的重大项目，由深圳市政府按照“三级甲等”医院标准投资兴建的大型市属公立医院，是南方医科大学第六所直属附属医院。眼科于2017年5月份引进了深圳市医疗卫生“三名工程”— 厦门大学眼科研究所刘祖国教授团队。
科室目前已经配置了多种性能先进的临床诊疗设备，拥有德国蔡司公司生产的OPMILumera i型手术显微镜、VISULAS眼底及眼前节YAG激光治疗仪、眼生物测量仪和Humphrey II-I全自动视野检查仪，日本拓普康公司生产的数码裂隙灯显微镜、SP-3000P角膜内皮计数仪，日本Canon TX-20P 非接触式眼压计，美国爱尔康公司生产的Laureate白内障超声乳化治疗仪，意大利CSO角膜地形图仪，尼德克公司OPD屈光分析仪及综合验光仪，眼科A/B超、OCT、弱视治疗仪等一大批世界先进的诊疗设备，紧跟国内外先进诊疗技术，不断开展新业务、新技术，在多方面形成了特色优势。
目前眼科正在开设白内障、干眼症、近视防控、青光眼、眼外伤、视网膜及视神经疾病等专科门诊。开展了各种大型手术，如白内障超声乳化摘除联合人工晶体植入、复杂性青光眼引流装置植入、各种类型的青光眼白内障联合手术、广角镜下23G微创玻璃体切除手术、视网膜脱离复位、老年性黄斑变性、视网膜血管疾病等眼内注射抗新生血管药物以及泪道置管等手术。开展了各种眼病的激光治疗，包括糖尿病视网膜病变、各种类型的青光眼、后发性白内障等。学科非常重视青少年近视的防控工作，是宝安区慈善会与教育局合作开展的“眼健康关爱空间”总基地、深圳市青少年近视防控联盟单位。
目前眼科医生已先后获得了国家自然科学基金、省自然科学基金、省科技计划基金、深圳市科技创新委员会、深圳市科工贸信委员会科技基金资助课题等10余项，分别在国际着名眼科学术期刊《Invest Ophthalmol Vis Sci》、《Molecular Vision》、《J .Cataract Refract Surg》及国家级医学核心期刊《中华眼科杂志》、《中华眼底病杂志》、《中华眼外伤和职业病杂志》、《中国实用眼科杂志》等杂志发表学术论文100余篇。获得省级科技进步奖二等奖一项，担任主编、副主编和编委出版《视路疾病与视野改变》、《基础眼科前沿》（上册和下册）、《中西医角膜病学》、《眼表疾病的理论基础与临床》、《简明眼科手术学》及《眼部新生血管性疾病》等大型眼科学术专着9部，包括英文专着1部，培养毕业硕士研究生13人，并多次负责举办广东省和深圳市眼科继续教育学习班。