南方医科大学深圳医院中医科，为国家中医药管理局共建基地，由南方医科大学中医药学院学科共建科室，以南方医科大学中医药学院为依托，是一个集医疗、教学、科研于一体的临床科室。科室将定期有国家级和省级名老中医包括中医学博导、硕导坐诊，具有鲜明的中医特色和优势，运用传统的中医理论结合现代的诊疗手段，对患者进行预防、治疗、康复和全面调摄，为深圳人民群众提供优良的中医诊疗服务。
全科技术力量雄厚，现有医师共14人，其中教授、主任医师3人，副教授、副主任医师2人，博士后3人，硕士生导师4人，博士生导师1人。科室有多人担任国内外各级学术团体重要职务，分别在肾病、肝胆疾病、针灸理疗等专业委员会担任主任、副主任委员职务。中医科建设床位46张，主要收治肾病、肝胆疾病、胃肠道疾病、颈椎腰椎慢性疾病以及中晚期肿瘤等各类疾病。以中医、中西医结合的理论与方法，现代辨病与中医辨证相结合，药物治疗与心理治疗相结合，中药治疗与针灸治疗相结合，内服与外用治疗相结合，以提高临床疗效为核心，将各种有效的治疗方法与途径合理有序地应用于具体病人、具体疾病的综合集成疗法，获得良好疗效。
中医科在以下三大方向形成了明显的技术优势及专业特色：
1、中西医结合肾病
采用中西医结合的方法诊治急慢性肾炎、肾病综合征、狼疮性肾炎、乙肝相关性肾炎、紫癜性肾炎、慢性肾衰竭、高血压肾病、糖尿病肾病、尿酸性肾病、囊肿性肾脏病、尿路感染等，疗效显着。
①中西医结合治疗难治性肾病综合征—2002年获军队医疗成果二等奖，2008年获中国中西医学会科技进步二等奖。
②腹膜透析治疗急、慢性肾衰竭—具有患者痛苦小、操作简便、费用低廉、疗效确切、保护残余肾功能、可居家实施等优点。
③非透析治疗慢性肾衰竭—采用中西医结合非透析的方法治疗早、中期慢性肾衰竭，效果显着，明显延缓肾衰竭的进展。
④中西医结合治疗肾小球源性血尿—采用中西医结合的方法治疗肾小球源性血尿，疗效确切。
⑤.肾衰养真胶囊治疗慢性肾衰营养不良—获国家自然基金、省自然基金、广州市重点项目资助，获得满意的临床效果。
⑥.肾康丸治疗糖尿病肾病—获国家自然基金资助，疗效确切。
2、中西医结合消化系统疾病
由国家中医药管理局全国优秀中医临床研修班张仲景脉学讲授首席专家杨运高教授坐诊，“以脉辨证，凭脉用药”是其最大的临床特点，善于运用中医经典方剂诊治疑难杂症，理法方药自成体系。治疗消化系统疾病，如：肝炎、肝硬化、脂肪肝、胆囊疾病、肿瘤、疑难杂症等，疗效突出，副作用少，达到国内先进水平，《科技日报》、《健康报》、《芒种》、《中国人》等新闻媒体对其做过专题采访报道和报告文学，在国内外患者中具有较高的信誉和知名度。
3、中医针灸及理疗
针灸是我国中医中的一种常见治病的手段，它已经有了几千年的历史。针灸是使用银针刺激人体的一些穴位来达到治愈疾病的功效；它天然无毒副作用，还有着很好的功效。同时开展小针刀治疗，小针刀是一种介于手术方法和非手术疗法之间的闭合性松解术。其适应证主要是软组织损伤性病变和骨关节病变。治疗过程操作简单，治疗时切口小，不用缝合，对人体组织的损伤也小，且不易引起感染，无不良反应，病人也无明显痛苦和恐惧感，术后无需休息，治疗时间短，疗程短，患者易于接受。中医科拥有经皮给药治疗仪、磁振治疗仪、微波治疗仪、子午流注低频治疗仪、艾灸治疗仪、电脑熏蒸治疗床等先进设备；辨证论治、个性化治疗、针药并用方式治疗各种痛症、中风、面瘫、面肌痉挛、三叉神经痛、带状疱疹、痛风、风湿性关节炎、颈椎病、腰椎病、肩周炎、网球肘、腕管综合征、胃肠疾病、顽固性失眠、抑郁症、帕金森症、过敏性鼻炎、哮喘、慢性咽炎、眩晕、耳鸣、耳聋、减肥、戒烟、痔疮、妇儿科疾病（小儿疳积、消化不良、惊风、小儿脑瘫、等，月经不调、痛经、不孕不育、卵巢囊肿、卵巢癌、子宫癌、乳房癌、更年期综合征等）甲状腺疾病、老年性疾病、亚健康调理等，疗效明显，深受患者好评。