胸外科创建于1956年，由我国著名的胸外科专家钱中希教授担任主任，设病床20张。在当时极其困难的条件下率先在西北地区开展了肺结核、支气管扩张、肺囊肿以及肺癌、食管癌的手术治疗，使新疆医科大学第一临床学院在胸外科领域处于疆内领先地位，是新疆建立专科最早，开展各种胸部手术最多，专业技术力量最强的科室，目前承担着自治区医、教、研集为一体的学科任务。
胸外科现有专业技术人员9名，（教授4名，副教授2名，主治医师3名，住院医师2名）。其中博士生导师3名，硕士生导师2名，留日归国博士2名。专业技术水平处于自治区领先地位，目前已成功开展各类胸部手术上万例。已开展的手术包括：1) 气管手术：隆突成形术，气管肿瘤切除术。2) 肺手术：肺叶切除术；袖式肺叶除术；全肺切除术；肺段、肺楔形切除；肺减容术等。3) 食管手术：食管、贲门癌切除，胃食管吻合术；食管癌切除，结肠代食管术；Heller's术；食管平滑肌瘤摘除术。4) 膈肌及纵隔疾病手术：外伤性膈疝修补术，食管裂孔疝修补术，纵隔内巨大肿瘤切除术，胸腺切除术。5) 胸壁及胸膜腔疾病手术：胸壁良性肿瘤切除术；胸壁恶性肿瘤切除、胸壁修补成形术；慢性脓胸纤维板剥脱术；胸膜间皮瘤切除术。6) 胸腔镜手术：胸腔镜肺切除术；肺癌射频消融术；肺大疱切除术、胸膜固定术；肺楔形切除术；全胸腺切除术；食管癌切除术；食管平滑肌瘤摘除术；食管憩室切除术；食管肌层切开术；食管裂孔疝修补术；交感神经干切除术；漏斗胸矫治术。7) 肺移植手术：各类肺部终末期疾病的单肺移植以及双肺移植术。2005年在新疆为一例双肺广泛纤维化病人成功实施了单肺移植手术，填补了新疆肺移植术的空白。特别是食管癌和肺癌手术治疗方面在新疆开展例数最多，并发症最少，一直居全国的先进行列和新疆的领先地位。
近几年获自治区及卫生厅科技进步奖多项。国内外发表学术论文200多篇，并参加国家重点图书编写，承担国家级及省部级科研项目多项。目前在读博士研究生2名，硕士研究生9名。每年为基层医院培养进修人员3-5名。
2004-2006年连续被评为优秀先进科室。2007、2008年荣获疑难危重抢救优秀病例二、三等奖。张铸主任医师荣获委员会优秀专家奖。由伊力亚尔副主任医师为首开展的食管癌研究所已申请并发展多项自然科学研究项目并获奖。2008年我科被评为远程会诊优秀协作科室、优秀先进科室。2008年职代会评选为先进集体。每年均有先进个人、优秀教师产生。
目前胸外科每周一到周五上午均设有胸外科专科门诊，每周一到周五均设有专家门诊，每年门诊量10000余人次，诊治的病种包括气管及肺良、恶性肿瘤；食管癌及食管疾病；纵隔肿瘤；胸部外伤；胸壁及胸膜疾病；支气管扩张；脓胸、肺大泡、肺脓疡、肺囊肿、肺结核；肺气肿；膈肌疾病，动脉导管未闭；终末期肺部疾患；手汗症等。全年手术病例近500例，手术数量在国内综合性医院处于先进地位，在自治区处于领先地位。能开展各种类型的胸外科手术，均取得良好的疗效。在长期的临床工作中，已形成了自己的胸外疾病的诊治特色。
胸外科有一支以护士长为首带领的精英护理队伍。其中主管护师一名,护理师3名,护士9名.她们学历均在大专学历，年轻而富有朝气，是一支热爱本职专业，拥有较强专科护理技术、积极向上的队伍。2007年全国卫生护理技术理论、操作比赛中成绩优异并荣获院级明星护士称号。数封表扬信、面面锦旗、科室明星护士的评选、操作能手等等都是对她们工作的肯定。
曾填补国内及新疆空白的手术项目―― 肺包虫内囊完整摘出术，气管、支气管成型术治疗气管癌、中心性肺癌；食管内翻拔脱术治疗食管癌；胸腺瘤切除治疗重症肌无力，电视胸腔镜微创手术、气管肿瘤切除重建术、肺移植等。
居国内先进水平的手术项目―― 食管癌术后胸内吻合口瘘再手术；胸部包虫病的诊断及外科治疗；食管、贲门癌术中机械吻合附加大网膜包绕预防胸内吻合口瘘；Heller氏手术附加胃底悬吊固定幽门成型术治疗贲门失迟缓症。
新技术应用项目---1996年.9月，我院购置了一套电视胸腔镜设备。至今为止开展了200余例胸腔镜手术。病种广泛，如肺大疱、肺结核球、肺良性肿瘤、恶性肺早期肺癌、恶性胸腔积液、纵膈肿瘤等。目前是疆内开展胸腔镜手术最多的医院，在国内享有一定影响。今年我科购置一台新式电视胸腔镜，电视胸腔镜手术是近年来胸外科的一项新的技术。它具有切口小，美观，出血少，手术时间短。病人住院时间短，恢复快的特点。如今在原有技术基础上更加广泛应用于多种疾病的手术治疗。
胸外科主要诊治疾病：
1. 食管疾病：食管癌、贲门癌、食管良性肿瘤、贲门失弛缓症、食管裂孔疝、食管憩室、食管烧伤所致良性狭窄、食管异物等。
2. 肺部疾病：肺癌、肺良性肿瘤、气管肿瘤、肺包虫、支气管扩张、肺囊肿、自发性气胸、肺结核病、支气管异物、气管隆突肿瘤、肺纤维化等。
3. 纵隔、膈肌疾病：胸内甲状腺、胸腺瘤、畸胎瘤、皮样囊肿、食管囊肿、支气管囊肿、神经源性肿瘤；膈疝、膈膨出等。
4. 胸壁疾病：胸壁肿瘤（包括胸壁良性包块）、胸壁结核、胸壁畸形（漏斗胸、鸡胸）急慢性脓胸等。
5. 胸部外伤：肋骨骨折、血胸、气胸。