昌吉回族自治州人民医院神经外科专业成立之初，只能开展简单脑外伤和脑出血手术，在院、科领导的关怀下，神经外科医生的艰苦努力下，不断进取，2009年，已发展成为独立的专业科室。十几年来，神经外科医护人员使无数危重病人获得了宝贵的生命，许多患者重新走上了工作岗位，回归家庭和社会。

神经外科有医师4人，其中主治医师2名，住院医师2名，护士12人，其中主管护理师1名，护士11名，科室设置床位30张。神经外科有螺旋CT、核磁共振、数字减影、手术显微镜、高压氧舱等一流的技术设备，为脑神经外科的诊断治疗提供了可靠的诊疗依据。科室配有多功能心电监护仪2台、冰帽1台、呼吸机1台，电脑输液泵2台。

神经外科常规开展各种脑外伤、高血压病脑出血手术，医院引进手术显微镜后可开展各类颅内肿瘤（脑胶质瘤、各部位脑膜瘤）、脊髓肿瘤、脑血管病（颅内动脉瘤、动静脉畸形等）、三叉神经痛、面肌抽搐等各类显微外科手术，科室与福建医科大学及附属第一医院、新疆医科大学及附属医院、自治区人民医院、空军医院均有密切的业务来往，充分保证了科室及周边地区神经外科病人的医疗质量。