中日友好医院中西医结合肺病科于2007年成立，科室结合既往工作经验，将临床需求与基础研究相结合，将科室发展方向定位为——肺病(慢性期、持续期及缓解期)的中医特色治疗，包括咳嗽、哮喘、COPD等；2008年国家中医药管理局重点研究室(肺病慢性咳喘)成立。2013年，在重点研究室的基础上，成立了中医肺病二科(中医呼吸二科)，重点研究室(肺病慢性咳喘)主任李友林教授担任科室主任，通过对肺病中医特色治疗方法的创新，进一步发挥中医的临床优势。
科室成立之初，临床医疗工作主要以门诊和门诊诊疗室为主，由李友林教授为首的专家坐诊。2014年7月，通过临床观察与工作总结，结合呼吸系统疾病的发生、发展及演变规律，提出中医药防治过敏性疾病的新思路，并向北京市科委申报“北京市重点实验室”，获批后进入试建设期；2015年7月，在院方的大力支持与协助下，中医肺病二科正式开展病房工作，将“肺脾为核心的脏腑整体辨证观”具体运用于肺病与过敏性疾病的临床治疗，并获得了良好的临床疗效。
至此，科室建设趋向于成熟的综合性科室。2017年12月，中医肺病二科(中医呼吸二科)正式更名为中医肺病二部，并正式成为中日友好医院呼吸中心组成部门，全面协同呼吸中心其他部门承担医院呼吸系统疾病的医疗、教育科研等各项工作，为将中日友好医院呼吸中心建设成为我国呼吸疾病防治领域的领军单位贡献力量。
科室人员构成：
科室主任为李友林，护士长为石静。主任医师1人，主治医师6人、住院医师1人、主管护师6人、护师8人。科室医师全部为博士研究生。
李友林主任：医学博士，主任医师，二级教授、博士研究生导师、博士后指导老师，北京中医药大学兼职教授。致公党员，致公党医药卫生专门委员会中央委员。2010年5月起担任科主任，现任：中日医院中医肺病二部主任、呼吸中心副主任，国家中医药管理局重点研究室(肺病慢性咳喘)主任，中医药防治过敏性疾病北京市重点实验室主任。
兼任中华中医药学会肺系疾病专业委员会常委，世界中医药联合会临床科研与统计学专业委员会副主任委员，北京中西医结合学会呼吸病专业委员会副主任委员等9项兼职。
中医肺病二部李友林主任连续一线中医临床工作30余年，从住院医师成长至主任医师、二级教授；向经典、历代名医不断学习，深得中医贤达王永炎院士，国医大师晁恩祥、许润三，国医名师田德禄、武维屏、姜良铎等先生教诲，努力在临床中提升中医理论与实践水平，启发坚定了中医理论自信、中医优势与特色自信、中医方法自信、中医疗效自信。
在肺及相关过敏性疾病的临床实践中：正确认识了肺及相关过敏性疾病虚实寒热“阳常不足，真寒假热，虚阳浮越，上热下寒”的临床特征；深化了疾病标本关系认识，揭示了“标起缘于本，标遁亦于本，扬本乃抑标”的标本规律；开拓性提出了“肺脾为核心的脏腑整体辨证观”；创新了肺及相关过敏性疾病异病同治方法；确立了肺及相关过敏性疾病“温润辛金培本”治疗原理；创立了系列特色中医外治的若干纯中医综合治疗方案；制定了中医诊疗与技术操作规范，创建了特色临床路径。
李友林教授作为第一完成人，中日友好医院作为第一完成单位，荣获2012年度国家科学技术进步奖二等奖一项，荣获2011年度北京市科学技术进步奖二等奖一项，荣获2011年度中华中医药学会科学技术进步奖一等奖一项。李友林教授团队，截至目前，共牵头承担科研项目23项。项目研究成果获得了发明专利3项，申请发明专利12项；获得著作权1项；获得国家及市级奖励4项；核心期刊发表文章100余篇，其中SCI论文12篇。
门诊、病房设置：科室开设中医肺病二部特需门诊、知名专家门诊、中医肺病二部普通门诊、中医内科普通门诊、治未病专病门诊；住院病房13张；科室涵盖中医肺病二部门诊特色治疗室、国家中医药管理局重点研究室(肺病慢性咳喘)、中医药防治过敏性疾病北京市重点实验室等几个组成部分。
科室诊疗特色：中医肺病二部选择慢性咳喘以及过敏性疾病作为优势病种；如慢性咳嗽、支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张症及肺间质纤维化，过敏性疾病(过敏性鼻炎、荨麻疹、湿疹)等。
中药内服结合中医特色外治是科室的基本工作内容，包括基于“肺脾为核心整体辨证”的中医个体化辨证施治内服中药。配合“温润辛金培本火药透皮系列疗法”、“温润辛金培本经穴熨帖系列疗法”、“温润辛金培本鼻热洗填塞疗法”、“温润辛金培本咽部封闭疗法”、“温润辛金培本雾化吸入”等中医系列外治方法。慢性咳嗽、支气管哮喘、过敏性疾病：实现减少复发，或治愈；慢性阻塞性肺疾病、支气管扩张症及肺间质纤维化：达到减少复发、提高远期疗效、改善生存、延缓致残目的。
现有专病门诊：治未病门诊。
科室科研成果：科室成立以来，取得了一系列科研成果，主持开展包括国家科技重大专项项目(重大新药创制)、国家科技支撑项目、国家自然基金面上项目、北京市自然基金重点项目、国家自然基金青年基金项目、国家中医药管理局行业专项项目、北京市科学技术委员会“十病十药”研发项目等多项临床与实验研究。截止2021年1月，科室已结题项目20项，在研项目3项。获得发明专利3项，申请发明专利12项，著作权1项，获得国家及市级奖励4项。发表文章100余篇，其中SCI12篇。
科室教学情况：李友林教授为北京中医药大学博士研究生导师、博士后指导老师。2005年起共指导硕士研究生16届；2008年起共指导博士研究生12届。其中：已培养博士研究生18人，在读博士研究生4人；已培养硕士研究生34人，在读硕士研究生7人，指导博士后1人。另外，科室作为中日友好医院临床教学基地，承担北京中医药大学《中医内科学》、《中医急诊学》教学工作以及留学生、本科生的实习、见习带教任务。
截止目前，科室共指导规陪住院医师430余人次，参与带教的老师6人。近年来李友林主任共带徒弟6人。共招收进修医师3人。
科室获得荣誉：科室荣获2012年度国家科学技术进步奖二等奖一项，荣获2011年度北京市科学技术进步奖二等奖一项，荣获2011年度中华中医药学会科学技术进步奖一等奖一项。
其他重要事项：
1.扶贫义诊活动：李友林主任于2018年7月至9月，十余次往返北京-陕西榆林开展扶贫义诊活动，期间诊疗患者千余人，并撰写《陕西榆林地区过敏性鼻炎等过敏性疾病发病与中医干预分析》的工作报告，开展题为《榆林过敏性鼻炎》的主题健康宣教活动。
2.新冠疫情武汉支援：2020年2月7日-4月7日，科室龙泓竹主治医师作为中日友好医院第五批援鄂抗疫医疗队队员，赴武汉参加抗击新冠肺炎疫情工作。
3.巡回医疗活动：2020年8月1日-31日，科室阎玥主治医师参与由国家卫健委组织的健康扶贫巡回医疗活动。
院内位置：科室门诊位于M栋1层5诊室、10诊室；住院病房位于M栋6层；门诊治疗室位于门诊四层收费处右侧中医肺病二部治疗室。
科室电话：
门诊：010-84205285
病房：010-84206246
护士站：010-84205216