北京大学第三医院普通外科的前身是北京医学院第三附属医院外科教研室，成立于1958年，普外负责人为张挽华。20世纪80年代初，普通外科成为独立科室，第一任主任为张挽华教授。
20世纪90年代初，普通外科划分为几个相对固定的专业组：胆道组、肝胰组、胃肠组、血管组和门脉高压组，1991年普通外科成立了腹腔镜专业组，1994年成立了腹腔镜培训中心，1999年设立肛肠病专业组，2003年成立乳腺病专业组，2007年联合消化科、肿瘤治疗中心成立消化疾病中心，2008年成立首个疝外科微创治疗全国培训基地。2012年被评为首批国家临床重点专科。
2019年成立了疝与腹壁外科中心。现任科室主任是原春辉教授，科室有副教授以上专家27人，下设肝脏、胰腺、胆道、胃肠、甲乳、肛肠等多个亚专业组，床位138张。
一、普通外科现状
1.科室党政领导：普通外科主任为原春辉教授（自2022年起任普通外科主任，全面负责普通外科的医教研工作），主管教学的副主任是马朝来副主任医师，主管科研的副主任是孙涛主任医师，主管医疗的副主任是王行雁副主任医师，2014年起原春辉主任医师任普通外科党支部书记。
2.组织框架：目前划分为胰腺外科组、胃肠外科组、胆道外科组、肝脏及移植外科组、乳腺外科组及肛肠外科组。普通外科主要收治胃肠病和乳腺疾病患者。
3.人员结构：普通外科既拥有周孝思、张自顺、陆少美等老一辈知名专家，又拥有修典荣、徐智和付卫等一批年富力强的学科带头人及学科骨干。北京大学第三医院普通外科为博士学位授予点。
二、普通外科历程
1.60年发展历程：1955年北京医学院第三附属医院开始筹建，外科的筹建事宜由当时的外科总论教研组负责。医院于1957年破土动工，1958年夏组建三院和三院外科教研组。外科主任为杨克勤副教授，副主任为邓宗岱医师，普通外科负责人为张挽华主治医师。
文革期间，军宣队和工宣队将外科、成型外科和运动医学合并改编为第二连，连长是党耕町，副连长是周冠汉和芮静安。文革后期，恢复了文革前的科室建制，外科主任由成型外科主任朱洪荫兼任，副主任有6人：杨克勤、张挽华、党耕町、周冠汉、芮静安、王素珍。
20世纪80年代初，外科各专业组各自成为独立科室并分别任命主任和副主任。普通外科独立后第一任主任为张挽华教授。1990年8月中知楼落成，内科系统迁往新楼，从那时起，普通外科的床位从60张床扩大到95张，后又扩大到103张。2005年12月，所有外科科室搬入新外科楼，普通外科床位增至123张（包括肛肠科13张床）。
20世纪90年代初，普通外科划分为几个相对固定的专业组：胆道组、肝胰组、胃肠组、血管组和门脉高压组。1991年普通外科成立了腹腔镜专业组。1994年成立了腹腔镜培训中心。1997年，由于种种原因腹腔镜中心解体。1999年肛肠病专业组迁至北医三院第二门诊部，后迁至北方医院。2003年成立乳腺病专业组。2003年，血管外科成为独立科室。
近十年来，影响力不断扩大，是国内公认的微创中心和疑难病诊治中心。普通外科近年来成功诊治了许多疑难、危重及少见病患者，如急性重症胆管炎、消化道出血、大肠癌肝转移、肝脏胰腺肿瘤等，挽救了患者生命，提高了患者的生活质量。
2008年被卫生部指定为普通外科内镜技术诊疗培训基地，每年定期举办“全国腹腔镜中高级手术培训班”等四个国家级继续教育项目，每年还举办两期为期3个月的腹腔镜中高级研修班，每年培训来自全国各地的学员近千人。并于2012年入选全国临床重点建设专科（普通外科）。
2.人才培养：普通外科的发展过程中格外重视梯队建设和青年医师培养。建院初期，普通外科只有主治医师2名，无高级职称者。而现在，普通外科已经形成鲜明的人才梯队。其中修典荣为中华医学会外科学分会肝脏学组成员，徐智为中华医学会外科学分会胆道学组成员，付卫教授为中华医学会实验外科学组成员，原春辉为中华医学会外科学分会胰腺学组成员，姚宏伟（2016年调离）为中华医学会外科学分会结直肠外科学组成员。
充分彰显了普通外科整体学术水平。普通外科中层人才充实，马朝来、孙涛、王港等10余人在多个国家级和省市级学会任职。普通外科还重视青年医师培养，张志鹏、张铃福和王行雁等医师作为青年骨干，加强其临床培训，科研训练，并出色的完成教学任务。普通外科还具有多名具有博士学历的青年医师，后备人才充足。
此外，普通外科现有护士51名，大专以上学历占74.4％，参与了多本护理专业书籍的编写以及放置胃管、引流袋的更换、腹带的包扎、人工肛门护理等规范操作录像的录制。至2007年底，护理组获北京市优秀护士2人次，北京大学医学部优秀护士长1人次、优秀护士7人次，北京大学医学部校级优秀教师3人次。
3.创新性工作：普通外科重视创新性工作，临床工作方面，修典荣教授完成的腹腔镜下脾脏部分切除术、经胸经膈的肝脏肿瘤切除术和完全腹腔镜下的全胰腺加脾切除术，胰十二指肠切除术后的完全腹腔镜下右半肝切除加左肝区段切除术均处于国内领先水平修典荣教授和付卫教授联合完成的完全腹腔镜下结肠癌根治+联合门静脉结扎和肝实质离断的肝切除（ALPPS）手术，既体现了手术技术的先进性，也体现了专业组合作的优势和典范。
科研方面，以修典荣教授带领下对胰腺癌发病和转移机制、胰腺神经内分泌肿瘤以及大肠癌肝转移的基础临床进行深入研究，以付卫教授为带头人的胃肠团队在结直肠癌发病机制方面做了大量的基础工作，并依托北京大学和清华大学丰富的交叉资源，研究成果显著。以徐智教授带领的胆道团队，在胆石成因、红外光谱在甲状腺、乳腺和胆管癌的筛查和诊断等方面做了深入系统的工作。除此之外，普通外科还重视专利申请和转化工作，近年来共申请发明专利2项，实用新型专利近20项。
4.目标：普通外科以建立北京市急诊疑难危重症诊疗中心和微创技术创新与推广中心为目标，建立“以器官为中心”的消化道肿瘤诊治标准模式，继续推进快速康复病房的发展。为患者提供更优质、更便捷的服务。
三、医教研方面
1.医疗：建院60年来，普通外科诊治的病人逐年增多。2017年，普通外科的手术例数增长至5500例，其中包括越来越多的疑难手术病例。平均住院缩短为5.7天。
（1）胆道外科：在动物实验的基础上国内首创保留Oddi括约肌功能的肝胆管整形术，将术后胆管炎复发率由30％～50％降至10％左右，被国内同行逐步接受。随着微创技术的不断发展和成熟，胆道外科开展了完全腹腔镜下的保留括约肌的肝胆管整形术（猫耳洞手术），腹腔镜下胆总管囊肿切除和胆肠吻合术，腹腔镜下的胆囊癌和胆管癌根治术以及复发腹部手术病史的胆道微创手术。对于部分胆总管结石患者采用经胆囊管取石得免T管手术，最大程度上减轻了患者的负担。
（2）胃肠外科：腹腔镜下的结直肠癌根治以及早期胃癌根治术逐渐成熟和规范，并在国内率先开展了直肠癌肛提肌外腹会阴联合切除、经肛门全直肠系膜切除术等新的术式，在直肠癌扩大根治以及保肛方面积累了丰富的经验。
（3）胰腺外科：20世纪90年代初，侯宽永教授在国内最早进行了急性重症胰腺炎的治疗研究，提出了3个关键：早期关键是纠正内环境紊乱及减轻胰外器官损害，中期关键是防治胰腺坏死组织继发感染，后期关键是对胰腺坏死组织引起并发症的处理。当出现坏死组织继发不可控制性感染或坏死组织出现并发症时，应及时转为手术治疗。
对于过去认为不能切除的侵犯门静脉、下腔静脉和肝动脉的胰腺癌，修典荣教授在国内率先开展扩大切除术，取得了较好的效果。2002年，修典荣教授在国内最早对晚期胰腺癌进行术中放射性I125粒子植入治疗，延长了患者的生存时间，改善了生活质量。现已行50余例。确定了I125粒子植入治疗病例的选择标准并被国内同行所接受。
目前，腹腔镜下胰腺体尾部切除（切脾或保留脾脏）已经成为胰腺外科治疗胰腺体尾部良性和低度恶性肿瘤的常规手术，并逐渐尝试腹腔镜下胰腺体尾部癌根治术（顺行模块化切除），完成了多例完全腹腔镜下的全胰腺加脾切除术，对于局部进展的胰腺癌患者开展了联合肠系膜上静脉/腹腔干动脉联合切除术，对于潜在可切除的胰腺癌患者进行术前新辅助的转化和评估工作。在胰腺神经内分泌肿瘤的外科和综合治疗水平位于全国领先地位。
（4）肝脏和移植外科：1978年，张挽华教授首创肠腔静脉侧侧分流术（直接吻合）治疗门脉高压症，止血效果好、脑病发生率低。张挽华还应邀在德国埃森和哥第根大学、维也纳大学、法国里昂外科学会、美国腹部外科学会等进行手术表演和学术报告，该研究成果于1981年获北京市科学技术委员会科技成果二等奖。
目前肝脏手术70%以上都通过腹腔镜下完成，大大减轻了患者术后恢复时间，缩短了术后住院日。肝脏外科在国内率先开展了腹腔镜下的半肝切除和解剖性肝切除，并在国际上较早开展了完全腹腔镜下的联合门静脉结扎和肝实质离断的分步肝切除手术（ALPPS），在大肠癌肝转移的治疗方面居于国内领先水平。
普通外科于2000年7月开始临床肝移植工作。可进行经典原位肝移植、背驮式肝移植和改良背驮式肝移植等多种术式，30％的病人术中无需输血。2007年，北医三院成为卫生部首批具有肝移植资质的医院之一。普通外科完成院内首例DBCD供体捐献，并在北京卫视的“生命缘”节目播出，取得良好的社会效果。
（5）乳腺外科：2003年成立乳腺专业组。购进了世界上最先进的钼靶X线光机及钼靶X线平卧光机，能够对乳房病变进行准确定位。对乳头溢液的病人，用乳腺导管镜检查，可发现导管内的微小病变。对于诊断为良性肿瘤的病人，可在超声或钼靶指引下用麦默通治疗仪行微创切除。现已施行数百例，效果满意。
对于乳腺癌的病人，采用了各种先进的手术方式，手术成功率高，并在手术根治的同时采用一期乳房成形术，使病人不仅治疗了癌症，而且保留了乳房的形态。除了常规开展麦默通治疗外，近年来开展了腔镜下乳腺良性肿瘤切除术，满足了部分年轻女性患者美容方面的要求。
（6）肛肠外科：1999年成立肛肠专业组。开展了经典的开放式痔切除手术、高位结扎切除的Milligan-Morgan手术以及闭合式痔切除术。在国内较早开展吻合器痔切除术，根据铜离子导入治疗蔓状血管瘤的经验，开创了铜离子治疗内痔出血的新方法。对于直肠脱垂，在国内率先开展经肛门直肠黏膜管状切除折叠吻合术。此外，肛肠外科在藏毛窦、低位直肠良性肿瘤等治疗方面居于国内领先水平。
2.教学：普通外科承担着外科系统最主要的教学任务。从建院开始，普通外科圆满完成了多个专业的本科生及研究生的教学任务。定期进行医学继续教育项目，对进修医师和外单位医师进行培训。
1978年普通外科被批准为硕士学位授权单位；1985年被批准为博士学位授权单位；1994年被批准为临床医学博士后科研站。近年来，普通外科也取得了令人瞩目的成绩。主管教学工作的徐智教授、王港副主任医师和崔龙副主任医师获得了多项教学课题和荣誉。
王亮主治医师获得了全国首届医学院校青年教师教学基本功比赛一等奖。普通外科以单个科室的力量成功连续举办了13届全国腹腔镜中高级手术培训班，第1-10届全国胰腺外科新进展培训班和第1-9届全国胆道外科进展和微创技术培训班等多项国家级继续教育项目，受到了各位同行的好评，扩大了北医三院普通外科在微创领域的影响力。
3.科研：建科60年来，普通外科在多项科研中表现突出。
胆石成因的基础研究：
①提出了“胆红素钙”沉淀-溶解平衡学说，查明单结合胆红素（MCB）不仅存在于胆色素结石中，也存在于胆固醇结石的色素核心中。
②胆色素结石和胆固醇结石病人肝组织中胆红素-尿苷二磷酸葡萄糖醛酸苷转移酶的活性均低于无结石者。
③胆总管狭窄动物肝组织中胆固醇7α羟化酶基因表达上调。
④从人胆汁中分离出氨基肽酶N，证明了其对胆固醇结晶析出有促成核作用。以上工作均为国内外首次报告。
器官移植的基础研究：将液氮低温保存150天的猪肝细胞移植给Wistar大鼠后，显著提高了肝衰大鼠的存活率。建立了表达人CD59蛋白的细胞克隆，并构建了表达人CD59蛋白的转基因小鼠模型。成功建立了啮齿类动物皮肤移植、心脏移植及肝移植动物模型，建立了更接近临床的移植耐受诱导方案。
肿瘤的红外光谱分析：1998年，在国内率先开展了红外光谱分析的临床应用研究，已建立了划分正常组织和癌组织的Bayes判别式，并发现乳腺、甲状腺的良恶性疾病与正常组织的体表红外光谱均有明显的差异，现正对在体组织进行红外光谱的测定与分析。
近十年间，普通外科共获得国家自然科学基金面上项目6项，青年项目1项，面上项目子课题2项。获批教育部博士点基金5项，首都临床特色课题3项，北京市自然科学基金1项。发表SCI论文70余篇。
四、文化建设
普通外科重视文化建设，党支部和工会在其中发挥了积极作用，在医院举办的文艺展示周活动中，取得了五连冠的优异成绩，2014年被北京大学授予北京大学工会小家称号。普通外科关心爱护职工，在医院内率先为全体女职工购买了互助保险。多项精品活动得到工会立项。
五、成果和荣誉
普通外科目前有4人在中华医学会外科学分会各学组任职，10余人在近60个国家级、省市级协会和专业委员会任职。对扩大普通外科学术影响力起到积极作用。