北京大学第三医院康复医学中心于1992年8月由北京大学运动医学研究所康复组及北医三院理疗科合并成立，至今已28年。目前，康复医学中心拥有51名职工，其中主任医师2人，副主任医师4人，主治医师5人，住院医师3人，主管治疗师7人，治疗师21人，主管护师3人，护师、护士8人。

本科坚持以骨科、运动创伤康复为特色，神经、心肺康复全面发展。历届科领导把握机遇，努力促进学科发展并取得了丰硕成果。2013年，本科获原卫生部国家临床重点专科建设项目。2016年，本科成立了国家级康复医学质控中心。在复旦医院管理研究所康复医学科专科排名中，本科2017-2021年排名均为全国第7名。