北京大学第三医院中医科于1958年10月，在北医三院的建立之初成立。吕伯华主任首任科主任。此后历经毛肖三、李鸿翔、卢国勋、聂有智等主任及现任李东主任的优化管理，中医科逐渐发展壮大，由成立之初的6名医师发展到当前的34名。
现中医科由本部及机场院区两部分构成，2019年10月在机场院区成立中医病房，设有床位15张。科室现有主任医师5人，副主任医师4人，主治医师13人，住院医师12人。具有博士后学位2人，博士学位17人，硕士学位10人。
日门诊量700-760人次，年门诊量超过27万余人次。2011年获批北京地区综合医院示范中医科；2015年成为全国综合医院示范中医科建设单位。
临床发展及规划
中医组：通过加强中医特色专病建设，突出中医药在优势病种和环节上的作用。经过六十余年的发展，已建立中医药介入辅助生殖、不孕不育、月经病、甲状腺疾病、乳腺疾病、慢性胃炎、类风湿性关节炎、肿瘤、慢性阻塞性肺病、中医情绪管理、中医美容专台及慢性病管理等专病专台。
针灸组：针炙组是以针灸经络理论与现代光电物理诊疗技术相结合的诊疗团队，经过几十年的发展，采取综合诊疗措施治疗颈椎病、腰椎病、关节痛、中风后遗症、面瘫、三叉神经痛、头痛、呃逆、耳鸣、肥胖、遗尿等取得了良好的疗效，并建立专病专台。
科研成果
2010年李东主任主持的首发基金《中药针灸介入辅助生殖技术提高孕育率的临床随机对照研究》是中医科首个省部级课题，同年史成和主任医师发表中医科第一篇SCI论文。
近年来，在课题及论文数量及质量上实现了质和量的突破。中医科自2015年至2020年初，主持国家自然科学基金4项，北京市自然科学基金1项，首都临床特色专项基金1项，首发基金1项，北京市中医管理局科技提升专项1项，北京大学医学-信息科学联合研究种子基金1项，首都社会经济发展研究所基金1项。发表统计源论文60余篇，SCI论文10余篇。
2013年成立北京市中西医结合生殖医学研究所，是中医科参与建设的首个市级科研平台。1人担任北京市中西医结合生殖医学研究所副所长、北京大学医学部中西医结合学系副主任，3人在国家级及北京市级学会担任副主任委员7项，3人担任常务委员、理事8项；11人担任委员、理事职务30余项，科研工作突飞猛进。
教学及健康宣教
在教学上，中医科承担了北大医学部护理专业及8年制临床医学的中医理论授课、临床带教、住院医师规范化培训及外单位进修培训等教学任务。自2007年以来，深化8年制医学生的中医教学改革，制定教学大纲，建立起中医多维式教学模式和多站式考试模式加强了医学生对中医药理论的理解和兴趣，推动中西医结合人才的培养。多人获得北大医学部和北医三院优秀老师。
同时，中医科拥有较强的对外教学实力，已对来自美国、德国、日本、西班牙、巴西等国家800余人次的进修生、留学生进行教学培训。1997年起与西班牙塞维亚黄帝针灸协会建立合作，定期举办交流活动。
中医科简介
健康宣教也是中医科的重点工作之一，在推进市民对中医药健康认知上发挥了重要作用。通过进校园，下社区，每年举办多次健康咨询和义诊活动，自2010年至2019年共有110余人次到基层开展中医诊疗服务，义务诊治患者7000余人次。同时，依托“首都中医药治未病健康促进工程”及“北京中医药健康乡村/社区建设”两项目，通过线上线下进行健康宣教，惠及12000余人。
中医科简介
专业组建设
1.中医药介入辅助生殖技术：本院辅助生殖技术处于国内领先地位。经过多年的临床科研观察，在辅助生殖前后，辅以中药、针灸可提高成功率，已形成独特的中医诊疗体系。以李东主任为中心，成立了中医药辅助生殖临床及科研创新团队，并取得了一定成果，获得多项课题，发表文章数篇。在此基础上，2015年4月成立北京市中西医结合生殖医学研究所，开展中西医结合疑难生殖内分泌疾病的诊治和研究。
中医科简介
2.慢性萎缩性胃炎：慢性萎缩性胃炎是一种常见病，多发病，多由饮食不节、情志失调等引发。通过中医辨证，予以中药治疗可明显改善患者症状及其预后。同时依托本院国家重点临床科室——消化科的先进检查，对疗效进行评价，进一步提升中医的诊疗水平。
3.中医中药治疗皮肤病：中医认为“有诸内者，必形于外”，因此皮肤病是身体内部脏腑气血功能紊乱或病邪侵袭人体的外在表现。在治疗上我们采取内治、外治或内外合治的方法针对不同的皮肤病采取灵活的治疗措施取得较好的临床疗效。
4.针药并用综合治疗颈肩腰腿痛：本科依托本院国家重点学科——骨科和运动医学的优势，针对无需手术的颈肩腰腿痛，如腰椎间盘突出、颈椎病、关节炎、肩周炎、网球肘、运动损伤等，创建专项治疗小组，形成颈肩腰腿痛治疗中心，发展特色治疗。
中医科简介
5.中医美容：中医美容专业不断发展，开展了中药面膜治疗痤疮、面部色斑、穴位微创埋线治疗肥胖症等，发展形成高肥胖多囊卵巢综合征患者辅助生殖成功的新技术，并获得医院新技术业务批准。
6.中医情绪管理：运用中医天人整体观、精气神、阴阳五行理论，根据中医脏腑情志论，情绪气化论、药物升降沉浮论，结合当代的社会心理学研究成果和人文医学研究成果，考察患者的社会角色，在操作层面上，融合叙事医学的内容，用中医药文化指导和中医药物疏导患者的行为和心理，在治疗过程中，充分发挥医学共情作用，以达到对患者的整体状态综合治理，提高临床疗效。
7.干燥综合征
干燥综合征(SS)是一个主要累及外分泌腺体的慢性炎症性自身免疫病，又名自身免疫性外分泌腺体上皮细胞炎或自身免疫性外分泌病。除口、眼干燥表现外，患者还可出现全身症状，如乏力、低热、关节痛等，亦可导致肺、肾损伤。申洪波团队长期从事于本病的研究与临床，有着丰富的治疗经验，通过辨证论治，取得较好疗效。
8.慢病管理专台
针对糖尿病、高血压、慢性阻塞性肺疾病等成立慢病管理专台，结合“首都中医药治未病健康促进工程”及“北京市中医药健康乡村（社区）建设项目”，对慢性病患者进行健康宣教、用药及生活指导，增加患者中医药防治知识，提升自身疾病管理能力。
9.中医特色病房（首都机场院区）
根据医院整体发展布局，结合中医科诊疗特色，中医病房重点开展脑卒中、骨科、运动医学疾病的保守及术后康复治疗。采用中药、针刺、拔罐、艾灸、推拿、药浴、熏蒸、离子导入、理疗等综合治疗方法，突出中医外治优势。
中医科简介
科室荣誉
2011成为北京地区综合医院示范中医科建设单位；
2012年李东主任荣获北京市“第二届首都群众喜爱的中青年名中医”称号；
2015年4月成立北京市中西医结合生殖医学研究所；
2016年获得国家中医药管理局“全国综合医院中医药工作示范单位”称号；
2016年完成北京市中医管理局“十二五”重点专科——中医妇科验收。
人才项目
全国第三批优秀中医临床人才：李东；
国家中医药管理局第四批全国老中医药专家学术继承人：李东、史成和；
国家中医药管理局第五批全国老中医药专家学术继承人：王春勇，李云虎；
京津冀中医、中西医结合“晨曦60”计划（第一期）优秀人才：辛喜艳。
中医科是个团结、奋进、力求创新发展的集体，是有着良好医德医风传统的科室，秉承“医者仁心”，尽一切可能为广大患者提供优质的服务。