中国人民解放军总医院第六医学中心胸外科技术力量雄厚，系中国癌症基金会食管疾病研究中心、海军总医院肺癌诊疗会诊中心。现展开床位45张，能完成所有普胸外科大、中、小型手术。科室现有军医7名，大多具有硕士研究生以上学历，包括医学博士3名、医学硕士3名。

目前科室拥有胸腔镜3台、纵隔镜1台、纤维支气管镜2套、手术头灯1套等胸外科先进设备，多年以来已经成功实施了多项新技术、新业务。尤其在复杂疑难胸部肿瘤（肺癌、食管癌、贲门癌、纵隔肿瘤）综合治疗、胸腔镜微创手术、胸部畸形的外科治疗和贲门失弛缓症的外科治疗等方面独具特色，有丰富的成功经验，在同行业内和广大患者中拥有较好口碑。

近年来，注重医学科研工作，先后在国际国内专业杂志发表论文40余篇，其中SCI论文3篇，北京市科技进步三等奖1项，全军医学科技进步奖1项，获得省部级以上课题5项。

目前，胸外科以“胸部肿瘤以手术为主的综合治疗”以及“胸部微创手术”为科室发展的两面旗帜，坚持科学发展观，坚持以人为本、学术建科，科室能够开展普胸外科的全部常规手术、如肺癌、食管癌、纵隔肿瘤根治术、以及复杂胸部手术如心包内全肺切除术、支气管袖式切除、肺动脉成形术、三切口食管癌根治术、巨大胸部肿瘤切除术等。

近年来开展胸腔镜和纵隔镜手术，胸腔镜下肺大疱切除、胸膜活检、肿瘤楔形切除、纵隔肿瘤摘除术、手汗症等，纵隔镜下纵隔淋巴结活检术等。目前，胸外科年手术量逐年增加，2008年已达130余台。

在开展外科手术的同时，胸外科注重以手术为主的多学科综合治疗，开展新辅助化疗、术后辅助化疗、术后靶向治疗等综合治疗。2005年，以胸外科牵头、联合医院肿瘤科、放疗科、呼吸内科、医学影像科及病理科等，成立了以以上科室专家组成的“肺癌诊疗会诊中心”，尽量使每一个病人得到个体化治疗。