解放军第309医院药剂科下设门诊药房、中心药房、干部保健楼药房、药库、实验室和临床药学室6个专业班组，保障全院药品供应和药学服务工作的顺利完成。

另有静脉配液中心，承担全院科室化疗药物、部分科室常规药物以及TPN的配制。

近5年来，负责国家“十一五”科技重大专项分课题1项；国家自然科学基金1项；承担省部级以上课题5项；获计算机软件著作权2项；承担或参与的研究课题成果获多项军队及地方科技进步奖项。

科室先后获得“为部队服务先进单位”、“医德医风先进单位”、“基层建设先进单位”和“总参先进基层党组织”等多项荣誉，2011年荣立集体二等功。药剂科努力打造国内先进的信息化、自动化药房，硬件上目前拥有针剂摆药机，片剂摆药机，毒麻药智能存储柜；软件上有物流作业指令系统、BI系统等。

在做好药品保障的同时，为了更好地致力于为兵服务，药剂科特设军人药房、军人用药咨询室，有力地提高了军人用药的合理性、安全性，受到广大官兵的一致好评。