北京大学第一医院眼科由我国著名的眼科学奠基人毕华德教授创立于1945年，曾培养出一代名医，前任中华医学会眼科学会副主任委员刘家琦教授，中华医学会眼科学会副主任委员李美玉教授，中华医学会眼科学会委员吴静安教授等著名的眼科专家，共培养研究生近50人，其中大部分为博士研究生。
目前，眼科有正、副教授15名，主治医师8名，主管技师及技师9名，护士21名，是一支高素质的医护队伍.中、青年医师中多数有博士或硕士学位。设有青光眼、角膜病、葡萄膜炎、白内障、眼底病、斜视、弱视、验光配镜等专业门诊，病房设46张床位，年门诊量近5万人次。
眼科的青光眼专业组成立于1964年，属国内一流水平，由全国青光眼学组组长，知名学者李美玉教授主持，由她早年提出的青光眼早期筛查指标被全国青光眼学组采用，至今仍在全国眼科界应用。现有青光眼专业医生及专业技术人员共11人，其中正教授3人，副教授3人，均有博士学位。
他们先、后开展小梁切除术，YAG激光虹膜周边切除术，治疗先天性青光眼的直视下前房角切开术，并较早地应用小梁切开术，使难治的先天性青光眼获得了良好的治疗效果。近年来开展的治疗难治性青光眼的引流阀植入术，取得了良好的效果。多年来诊治各种疑难青光眼患者数万人次，积累各种青光眼病历3000余份。
近年来又开展了新型的抗青光眼手术一非穿透小梁切除术及选择性激光小梁成形术，使开角型青光眼的手术治疗达到了国际领先水平。
1975年－1979年该科又先、后成立了眼肌组、葡萄膜病组、角膜病组及眼底病组。
角膜病是重要的致盲眼病之一，该科角膜病专业创建于70年代在吴静安教授的带领下，现已够成规模，目前有3位教授、1位副教授、6位眼科博士，2名技术员角膜病组在治疗感染性角膜病人，干眼症及角膜变性和营养不良方面有自己的特长，开展的角膜移植术仍然是目前世界首选的治疗角膜病方法。
近来由晏哓明主任教授和她的专业组开创了全国首例，羊膜移植手术，为眼表疾病提供了新的选择。长期的临床经验和大量的病历积累使患者来到角膜病门诊就能得到明确诊断及治疗。角膜病专业组在角膜炎的病因诊断及方面做了许多工作，在这期间他门建立了眼库为角膜的储存创造了条件。
2001年开展了准分子激光原位角膜磨镶术（LASIK），为近视眼患者带来了福音。几年来，积累了大量的病例，也取得了丰富的经验，推动了近视手术的发展。
葡萄膜病专业组在全国知名教授孙世珉的领导下，首先在国内开展葡萄膜病的分类诊断和治疗工作，具有丰富的临床和科研工作经验，积累了2000多份专业病历，全国各地慕名而来的患者众多。近年来科室又积极开展了葡萄膜炎各种并发症的手术治疗，如并发性白内障超声乳化及人工晶体植入、继发性青光眼引流阀植入、急性坏死性视网膜炎激光及玻璃体切割手术等，解除了患者的疾苦。
80年代初，眼科率先在国内开展了白内障囊外摘除和人工晶体植入术，取得良好的效果并向全国推广。随着自内障手术的不断改进，科室又开展了小切口和超声乳化自内障摘除及推注式折叠人工晶体植入术，手术时间短，切口小，术后恢复更快，增视效果更好，并开展了门诊手术，减轻了患者的负担，极大地方便了广大白内障患者。
最近又开展了有晶体眼的人工晶体植入术治疗超高度近（1500以上），并取得了令人满意的效果，处于国内领先水平。
眼底病在杨柳、聂红平教授的带领下，逐渐形成了研究队伍，研究方向从常见的静脉阻塞，到复杂的视网膜脱离，糖尿病视网膜病变，随着眼底荧光血管造影及脉络膜造影技术的应用，大大提高了眼底病的检查、诊断水平。目前眼底病病例有2000多份。随着玻璃体切割手术的开展，使一些过去难以治疗的玻璃体和视网膜病变得以治愈或改善。
此外，科室还开展斜视矫正、弱视治疗等工作，陈斯同教授等在双眼视觉发育研究正常儿童及青少年，斜视及弱视患儿双眼单视功能的发育状况及治疗恢复的原因方面有很高的造诣。
目前眼科还配备有许多先进的检查和治疗设备，如：眼部A超，角膜曲率计，超声角膜厚度仪，角膜内皮镜，Humphery视野计，Goldmarln视野计，眼底照像系统（荧光血管造影及脉络膜造影），眼底立体照像机，眼前节照像机，YAG激光，多波长激光机，超声乳化和玻璃体切割机等，可为患者提供理想的治疗。
眼科实验室建于1982年，有一名眼科医师长期兼顾于实验室内晶本室进行工作如下：淋巴细胞转化试验OKT单克隆抗体、免疫荧光测定、免疫球蛋白以及免疫复合物测定的试验，以配合葡萄膜病专业的临床工作。自1994年购进荧光显微镜及细胞培养设备后，同年开始并每年接纳、协助完成临床及实验室硕士生和博士生的细胞培养、鉴定和细胞免疫组化工作。
眼科教研室成立于五十年代，承担着北京医科大学眼科的全部教学任务。多年来的教学与临床的经验，造就了一支教学经验丰富，态度认真，工作细致的教师队伍。
为国家培养了大量医学人才。目前，眼科承担着北京医科大学五年制、七年制及八年制的教学任务，并承担着夜大学，护校的讲课及实习任务。1981年成为全国首批博士点，2001年成为教育部重点学科。
在科研方面，李美玉教授对视神经、筛板及小梁细胞的研究从不同角度研究青光眼的发病机制，为青光眼的诊断和治疗提供理论依据。晏晓明教授对角膜创伤愈合、角膜缘干细胞移植和免疫机制进行了系列研究，获得国家十五期间“211”工程、教育部博士点基金等资助。
杨柳教授与美国哈佛医学院Schepens眼科研究所合作进行了视神经再生的研究，在世界上首次成功再生了小鼠视神经。同时对视网膜脱离后光感受器细胞凋亡的研究获得哈佛医学Schepens眼科研究所优秀论文奖(2004)。