北京市健宫医院麻醉科手术室已成立30余年，位于东楼5层，目前有3间百级层流和3间千级层流手术间，并建立了恢复室。心外科可以做心脏搭桥手术，先心病矫治手术，并成功进行腔镜下先心病矫治术。功能神经外科可做癫痫病灶切除手术及神经减压手术，可以做到术中唤醒。普外科开展腹腔镜手术，whipper手术，肝叶切除。

胸外科可做食道癌及肺叶手术，还可做气管切除手术。骨科可作关节镜检和关节置换手术，以及各种脊柱手术和创伤手术。妇产科可做腔镜下子宫及附件手术及宫外孕手术。最近几年还开展了无痛胃肠镜手术，既能保证病人在无感觉的情况下进行检查，又能使医生在从容的条件下进行仔细的检查，确保检查的成功率；同时开展了门诊无痛人流术。

医院一年平均完成近4000例手术，为手术科室提供了满意的手术条件，为病人提供了满意的医疗服务；同时出色完成了医院的抢救工作，为全院的发展做出了贡献。