北京协和医院变态反应科是中国临床变态反应学的发源地和摇篮。
1938年，医院张庆松教授赴美深造，在学习耳鼻喉的同时学习变态反应。张教授1939年归国后，拟在当时的北京协和医院筹建一个变态反应门诊，但因当时我国处于抗日战争时期而被迫中断。
新中国成立后，从1952年开始，张庆松教授率领叶世泰在物质匮乏，条件极其艰苦的条件下筹建变态反应科。建国之初，要建一个在中国从未出现过的变态反应科，真是白手起家。叶世泰利用业余时间到图书馆去查找和学习资料，了解变态反应学的基本知识和现状，通过全面学习了当时能找到的所有资料。
叶教授回忆说：“当年的协和医院图书馆真是日夜门庭若市，晚上闭馆时总要多次打铃，再三高声催促‘要关门了’，人们才合上书本迟迟离去。通过大量的阅读，我发现变态反应学在整个医学中真是一朵奇葩，她包罗万象，奥妙无穷，更激发了我对这门新兴学科的好感与兴趣。”
当时，全北京没有一家像样的医疗设备商店，变态反应科所需设备，一些制备变态反应诊断和治疗用抗原提取液所需的器械如蔡氏无菌滤器、分液漏斗、分溜器均无从购买，即使对在变态反应科来说必备的冰箱，当年亦是走遍北京无觅处，最后还是从旧货商店里买回来了一台“二手货”。
工夫不负有心人，在多方努力之下，蔡氏滤器在医院器材库的废品堆里找到了，分液漏头、分溜器、分析天秤等亦先后找到了，各种必要的玻璃仪器也陆续初步配备完成了。1956年5月1日，中国第一个变态反应科在北京协和医院正式创建。
北京协和医院变态反应科在历届主任张庆松、叶世泰和张宏誉教授的领导下，几十年来，在医疗、科研、教学和中华医学会变态反应学分会的创建等方面做了许多开创性的工作，对中国变态反应事业的发展做出了重要贡献。
变态反应科从建科伊始，即吸引来了大量的病人，不但有耳鼻喉科的变态反应病人，而且有大量耳鼻喉科以外的变态反应病人，如支气管哮喘、药物过敏、食物过敏、各种过敏性皮肤病等，病种非常丰富。就在变态反应科正式成立并接受病人的第二年，临床工作中就发现了一批呼吸道过敏的病人，这些病人的发病有明显的季节性，高潮在秋季，这引起了张庆松、叶世泰和顾瑞金的注意，认为这些病人很可能是由花粉过敏引起的。
经过连续多年的北京地区的空气中花粉调查，深入的病情观察，病人的家庭和工作环境调查，北京郊区的植被调查，直到六十年代初，通过可疑致敏花粉的鼻腔内激发试验，终于证实了在我国北方地区的重要致敏花粉是蒿类植物的花粉，从而奠定了中国花粉变态反应研究的基础。
1957年春夏之交，一场惊心动魄的反右运动开始，从此政治运动一个接着一个。变态反应学由于是发源于西方的一门新兴医学，并在诊治工作中又非常重视病人的生活环境和生活方式、医疗中常常要提出一些对病人衣食住行各方面的特殊要求，一时竟成了受批判的罪证，斥之为宣扬资产阶级生活方式，对病人提出的生活中对过敏源的禁忌则斥之为清规戒律。从此每次政治运动，变态反应科均不免遭到一些非议。
直到1966年史无前例的“文革”兴起，变态反应科成了受冲击的重点，称之为资产阶级思想的堡垒，培养资产阶级接班人的据点。
日常业务受到极大扰乱，几乎到了无法继续工作的境地。叶世泰教授回忆说：“眼看着大量变态反应病人对治疗的迫切要求，我暗自告诚，条件再困难，工作亦不能中断，即使在最困难的时候，科里只剩下了我一个人，还是把门诊、皮肤试验、脱敏治疗等工作全部坚持了下来，在整个文革期间，变态反应科的工作始终没有中断过一天，取得了病人的信任和支持。”
1971年夏季的一天，叶世泰教授等从事呼吸疾病的医务人员一道得到了周恩来总理的接见。在会上，叶世泰教授就当时在气管炎防治中重视对症治疗，忽视病因治疗，以及针对当时将一切有咳、痰、喘症状的病人均诊为气管炎的做法谈了自己的意见，并将由花粉引起的咳喘即使在春夏秋季亦可大量发病等情况向总理作了报告。
总理做出批示：“大家回去后要立即投入工作，不要等到冬季再开展工作。”总理的接见引起了卫生部对变态反应学的重视，并在以后又多次指示：为了保持协和医院的特色，变态反应科不能取消，还要继续发展。
七十年代，通过长期家庭及粮店的现场调查，在从病人家庭和粮店收集的尘土中第一次发现尘螨，为我国尘螨过敏的临床和基础研究奠定了基础。
八十年代，北京协和医院变态反应科牵头完成了全国气传致敏花粉调查，初步摸清了我国各省及地区致敏花粉的分布情况。为我国花粉症的临床诊断和治疗工作奠定了基础。紧随其后，北京协和医院变态反应科再次牵头完成了全国空气中霉菌的调查，为我国霉菌过敏性疾病的诊治和研究奠定了基础。
协和医院以解决疑难杂症的著名医院，变态反应科的医生着眼于临床，完成了许多在中国前所未有的工作：
1980年代，科室张宏誉教授在中国率先开始了遗传性血管神经性水肿的研究，迄今已收集来自90多个家系的360多例病人，在国际上也是病例数较多的临床研究中心。对HAE的发病机制、临床特点及治疗进行了深入研究，对此领域的研究已达国际领先水平，并于2000年发现了HAE新的基因突变类型，并就相关研究结果进行了报道和国际学术交流。
科室文昭明教授在国内首次诊断出占一般哮喘病1%-2%的变应性支气管肺曲菌病，并先后建立了ELISA和免疫印迹技术检测特异性IgE和IgG的方法；文昭明教授还在国内率先开展了婴幼儿变态反应工作，编著了有关婴幼儿变态反应的第一部专著，在专业学界获得好评。
1990年代，尹佳、叶世泰在世界上首次报道葎草花粉也是我国北方地区夏秋季最重要的致敏花粉之一，其地位与蒿属花粉同样重要，并首次建立了体外检测葎草花粉特异性IgE的方法。
2004年尹佳教授诊断了我国首例小麦依赖运动诱发的严重过敏反应，以后，研究小组又陆续诊断了一百余例类似病例，相关研究获得2010年度协和医院科研成果奖一等奖。
科室医生分别诊断了一些罕见的食物过敏导致的严重过敏反应，例如花椒过敏、雪莲果过敏，菜花、大蒜、荞麦、绿豆过敏导致的食物依赖运动诱发的严重过敏反应，并分别发表了相关论文和国外会议文摘。
科室医生诊断了罕见的金属过敏病例并发表在国外杂志。2007年科室报道了国内首例汞过敏导致的狒狒综合症，并对发病机理进行了初步探讨；2008年，科室报道了非常罕见的世界首例金属铜导致的掌跖脓疱病，相关文章分别发表在《contactdermatitis》和《Lancet》杂志上。
北京协和医院变态反应科是中国唯一的抗过敏药物临床药理试验基地，近年已完成40余项I－IV期临床药理试验。2008-2010年，科室牵头的10余家完成了尘螨舌下含服脱敏的临床研究。
科室在国内最早研制过敏原并将特异性免疫治疗应用于临床，老主任叶世泰教授一贯认为：“变态反应病的发生根据病人所处环境的不同，各国各地物产，气候，生活习惯及地理环境的不同而变化。
中国人的变应原与国外的不尽相同，因此，变应原的生产和研究应该立足于国内，不宜照搬西方，越是中国的，越是世界的”。在他的领导下，变态反应科从最早的4种变应原做起，至今已拥有200余种具有我国特色的过敏原粗制品。2001年，科室将过敏原的生产正式移交给北京协和医院开发公司，专注于过敏原的基础与临床研究。
变应原是变态反应临床诊断和治疗的主要药剂，在国内也是近半个世纪以来中国变态反应学界为之奋斗的成果之一，医院自制的粗制变应原四十余年来在全国各省市的变态反应临床广泛应用，对发展我国的变态反应事业起了重大的作用。长期的医疗实践证明，医院生产的过敏原粗提取液安全、有效，深受使用单位和病人的信赖，也支撑着全国变态反应学科的发展，受益者达数百万，上至中央领导，下至普通百姓。
北京协和医院变态反应科是国家继续教育基地，目前承担中国协和医科大学八年制的临床变态反应学教学任务。科室的医生及其重视在全国推广和发展中国的变态反应事业，曾先后主编和出版了数十部变态反应学专著、教科书和科普读物。
从1982年起，已先后举办了30期全国临床变态反应学习班，培养变态反应专科医师2000余人，推动了中国储备变态反应学人才的工程。这些人已成为全国各医院变态反应学领域中的骨干。目前，科室共培养硕士研究生13名，博士生6名，现有在读博士生1名，硕士生3名。
北京协和医院变态反应科先后承担国家科技部社会公益基金重点项目、国家自然科学基金项目、北京市重点科研基金项目、卫生部科研基金和院重点科研基金项目等，其中100万以上项目1项；50万以上项目2项。科室医生目前已在国内外核心杂志发表论文200余篇，并多次获奖。专利一项。目前在研项目基金300余万。
北京协和医院变态反应科对中华医学会变态反应学分会的创建做出了重要贡献。1986年，在协和变态反应科的倡议下，成立了全国性的学术组织----中华微生物和免疫学会变态反应学组，并于1989，1992，1995和1998年举办了四届全国变态学术讨论会。叶世泰教授任历届学组组长。
2000年8月，经过协和医院变态反应科多位医生的共同努力和呼吁，中华医学会常务理事会讨论通过成立中华医学会变态反应学分会。2001年，在中华医学会变态反应学分会第一届会议上，医院叶世泰教授当选为名誉主委，张宏誉教授当选为主任委员，科室教授还分别当选为学会秘书长，常委及工作秘书。
2009年，尹佳教授当选为主任委员，王良录教授当选为候任主任委员，李宏教授当选为副秘书长；2010年，文利平、支玉香当选为工作秘书；文利平被选为青年委员会副主任委员。
在协和医院变态反应科主持和参与下，中华医学会变态反应分会每年均举办学术年会，至今已第？届。从2005年开始，每年均于北京举办变态反应性疾病高峰论坛。邀请国内外变态反应和相关专业的顶尖学者进行学术交流，在国内变态反应学界规模和影响最大。
2007年，协和医院变态反应科和免疫科共同创办了《中华临床免疫和变态反应杂志》。这是中国第一份变态反应学专业杂志，并与2010年11月正式进入中国科技论文统计源期刊目录，成为中国科技核心期刊。
建科55年来，经过几代人的努力，协和医院变态反应科已逐渐成为中国变态反应学科的医、教、研中心，在过敏反应性疾病的诊断、治疗及基础研究方面居国内领先水平，在国际也有一定影响。
北京协和医院变态反应科在中国老百姓心中享有较高的声誉，看过敏性疾病去协和医院变态反应科已成为全国过敏性疾病患者的共识，科室的年门诊量近7万人次，高峰季节日门诊量近400人次，患者来自全国各地。
目前，科室有在职职工18人，其中正教授1人，副教授5人，主治医师4人，实习研究员2人、主管技师3人、护士4人。北京协和医院变态反应科拥有一支高素质的人才队伍，在科室50岁以下的医师中，全部具有博士学位。
科室现任主任为尹佳教授，同时担任中华医学会变态反应学分会主任委员。尹佳教授参与创建了《中华临床免疫和变态反应杂志》，并担任该杂志主编。尹佳教授设计和主持了多项国家级科研项目，推动了我国过敏学科基础及临床研究的发展。近年来，尹佳教授领导中华医学会变态反应分会。
推进与ACAAI（美国过敏、哮喘及免疫学医师协会）、AAAAI（美国过敏、气喘及免疫学协会）、EAACI（欧洲过敏哮喘及临床免疫学会）及WAO（世界变态反应组织）等国际过敏学组织合作，多次在国内主办高端国际学术交流活动，开阔了中国过敏学科医生的视野，活跃了专科思想，促进了中国与世界的对话，推动了中国过敏学科的发展。
被推选为“亚洲太平洋过敏和临床免疫组织”常务理事，代表中国参加该学会的学术交流和组织管理工作。2010年，尹佳获ACAAI颁发的杰出成员奖（DistinguishedFellowAward）。该奖项每年仅有２位国际医生获此殊荣。21年来共有43名海外医生获奖，且多数来自英语国家，尹佳教授为首位获得该项奖的中国医生。
中国的变态反应学发端于北京协和医院，它从无到有，从小到大，它生机勃勃的种子正在播向全国。协和变态反应科的新一代医护人员，将以老一代人为榜样，体恤他们创业的艰辛，珍惜荣誉，奋发自勉，团结合作，再创辉煌，为尽早把协和变态反应科的水平推向世界变态反应学的前列而奋发向上。一个欣欣向荣，具有中国特色的变态反应学科已出现在东方！