北京协和医院检验科成立于1958年，是中国医学科学院北京协和医学院检验学系所在地。现科下设微生物专业组、生化与免疫专业组、基础检验与细胞学、内分泌专业组、分子生物学专业组、西院综合组6个专业组。国内率先设立检验门诊，平均每天接诊超过40人次；积极参与临床查房，共计百余次。
按照“准确、快捷、热情”的质量方针，根据CNAS－CL02：2012《医学实验室质量和能力认可准则》（ISO15189：2012，IDT）及CAP的技术要求建立并运行质量管理体系，于2008年通过国家合格评定认可委员会组织的专家评审并获得ISO15189认可证书；于2014年通过美国临床病理家学会（CAP）的实验室认可。
近十余年来承担了自然科学基金、科技部，卫生部公益行业基金，世界卫生组织等多项科研项目；同时承担中国医学科学院·北京协和医学院硕士、博士研究生、8年制本科生和成人教育学院检验专业的教学工作及全国检验专业住院医师、实习生和进修生的培训工作。
北京协和医院检验科位于北京协和医院东西两院，东院位于北京市东城区帅府园1号（邮政编码100730）北京协和医院新门诊楼7层A区（微生物区）和新门诊楼6层A区(急诊区、生化免疫区、临检及细胞学区、内分泌区、分子生物学区)、新门诊楼5层B区(STD检查和皮肤真菌检查)、新门诊楼2层B区(临检尿便及精液检测区)、国际医疗部1段2层(外宾化验室)。
西院检验位于北京市西城区西单大木仓胡同41号（邮政编码100032）门诊楼4层（生免室、临检室、微生物室、门诊化验室、急诊化验室）。
检验科设主任1名，副主任1名，主任助理1名，下设微生物专业组、生化与免疫专业组、内分泌专业组、基础检验与细胞学、分子生物学专业组、西院综合组6个专业组，每组设组长1名，副组长1－2名。检验科6大专业组共辖16个实验室，35个子专业领域，专业配置合理，能够满足大型综合医院临床工作需求。
检验科目前拥有大型仪器设备135台，其中包括具有世界先进水平的细菌培养仪、自动鉴定仪，大型生化自动分析仪，全自动免疫分析仪、多参数五分类血细胞分析仪等。
全科开展检验验项目300余项，各专业的实验方法学80％以上达到国际先进水平，微免实验室细菌室在院内感染监测及其耐药机制研究，疑难菌鉴定和感染疾病诊断等方面全国领先；血清病毒室在国内较早建立衣原体感染诊断、获得SARS毒株处于国内领先地位；生免室在北京市独家开展血红蛋白电泳。
人员情况
检验科现有在职职工107人（64%），合同制员工47人（28%），退休返聘人员13人（8%）。
在职职工学历构成：博士8人、硕士26人、本科40人、大专30人、中专人3人；职称构成：正高6人、副高13人、中级60人、初级28人。相关技术工作人员均具有检验相关专业背景及相应的检验专业职称，各岗位均经过严格的外部或内部上岗培训及考试，岗位授权明确，职责清晰。
共34人拥有“全国大型自动生化分析仪上岗证”，17人拥有“卫生部临床基因扩增检验上岗证”，5人拥有“北京市HIV抗体初筛检测上岗证”。各管理岗位职责明确，分工清楚，对日常管理工作鼓励员工全员参与，目前各类兼职管理员占正式员工的30%以上。
质量管理体系及实验室认可
检验科的质量管理体系于2007年5月开始运行，范围覆盖检验科固定场所进行的所有检验工作。检验科按照“准确、快捷、热情”的质量方针，根据CNAS－CL02：2006《医学实验室－质量和能力认可准则》（ISO/IEC15189：2007）的要素并参考CAP的部分技术要求，建立并运行质量管理体系，以保证检验结果的准确性；方便医护人员及患者，提供快捷的检验报告。
不断进行实验方法学研究及经济学评估，在保证质量的前提下，选择较为经济的检验方法，以减少医疗成本；加强与临床的交流与沟通，热情为医护人员及患者提供检验咨询服务。
检验科于2008年4月通过国家合格评定认可委员会组织的专家评审，并于同年6月获得ISO15189认可证书，证书共覆盖246个检测项目，2009年6月通过了监督评审。整个质量体系处于良好运行状态。
为了保证全部的检测活动能够满足质量要求，检验科严密监控分析前、分析中和分析后检测过程的质量。
分析前阶段：为保证标本的正确采集和运输，严格控制从患者准备、样本采集、标本保存及运输的各实验前环节，检验科设计、印刷《检验科标本采集、运输指南》分发各临床科室和门诊部，并多次组织护士和外勤人员培训相关知识，促进医护人员能力的提高；同时编制《检验科标本采集、运输指南》（患者版），指导患者正确留取并送检尿、便、痰等标本。
检验科各专业组建立明确的标本接收、拒收标准，严格控制标本质量，不合格标本及时反馈临床。
分析中阶段：建立完善的检验方法性能评价程序和室内质量控制、室间质量评价程序，参加美国病理学家学院（CAP）能力验证（PT）、北京市临检中心、卫生部临检中心（CNCCL）、英国国际室间质评计划（IEQAS）以及香港玛丽医院等组织的实验室比对以评估和监测检测系统的稳定性和准确性。
分析后阶段：规范检验报告的形式、审核和修改流程，在科学评估不同检测项目稳定性的基础上，建立《检验样品管理程序》，严格控制样本的储存条件和时间。
教学及科研情况
近十余年来检验科承担了自然科学基金、科技部，卫生部公益行业基金，世界卫生组织等多项科研项目。培养各级各类实习生、进修生，硕士生数百名。
教学工作：
检验科承担着中国医学科学院北京协和医学院的硕士和博士研究生的培养、中国协和医科大学8年制“诊断学”和中国协和医科大学成人教育学院检验专业的教学及全国检验专业住院医师、实习医生和进修医生的培训工作。
1.硕士和博士研究生的培养：目前，检验科具有硕士研究生导师6名、博士研究生导师2名，招收临床检验诊断学专业的研究生。
2.中国协和医科大学8年制“诊断学”实验课程：平均40学时/年。
3.中国协和医科大学成人教育学院检验专业的教学课程：包括临床生物化学检验、临床免疫检验、分子生物学检验技术、临床基础检验、实验室质量管理、临床微生物检验和专业英语共七门功课，平均286学时/年。
4.住院医师培训：2006年北京协和医院医院检验科开始面向社会，招收住院医师培训。
科研工作：
十余年来检验科承担了自然科学基金、科技部，卫生部公益行业基金，世界卫生组织等多项科研项目，主持完成的科研成果奖获得中华医学科技奖一项、北京市科技奖一项。
主要参与的科研成果获得国家级奖一项，部级奖三项、院校级科研成果奖九项、通过部级鉴定的四项，在国内外期刊发表学术论文超过900篇，编著学术著作20余本。尤其细菌耐药和耐药监测方面的研究在国内处于领先地位。