中国人民解放军总医院第五医学中心药学部下设调剂中心、制剂中心、新药临床试验中心及临床药学中心4个二级科室，主要负责药品供应保障、制剂生产与质量控制、临床药学、药物临床试验及相应的基础研究工作。

现有高级职称16人，博士生导师5人,硕士生导师6人，学科拥有博士10人,硕士28人。

药学部多次被评为全国、全军药学工作先进单位，如“全军药材工作先进单位”“中国医院‘先声杯’药事管理奖”，荣立集体二等功2次、三等功3次，连续4年被评为“全军药品不良反应先进单位”。

近5年来，药学部承担国家重大专项课题6项，国家自然科学基金3项，研究经费3000余万元，获军队科技进步二等奖2项，军队医疗成果二等奖1项，中华中医药学会科技进步二等奖1项，中国医药教育协会一等奖1项等。

主编专著20余部，发表文章200余篇，其中SCI论文48篇。