上海市东方医院中医科于1956年设立，由清代名医恽铁憔的学生顾雨时创建并任首位中医科主任。经过多年学科发展，目前中医科下设中医内科、针灸科、中医治未病及中医外科四个二级临床学科；共有医师24人，其中高级职称7人，博士5人，同济大学硕导2人。

中医内科运用传统中药结合中药功能基因组学、中药结合干细胞疗法、中药小RNA测序及鉴定、中药结合纳米材料等现代医学手段开展代谢性疾病、中医抗衰疗法、疼痛病、慢性肝病、慢性肾病等临床及科研工作。

中医伤科成立于东方医院建院早期，融合传统医疗与现代医疗、内治与外治、被动与主动、预防与康复为一体的全程式诊疗服务体系。采用个体化的诊疗方式，为患者量身订做专属的一整套治疗、康复、预防和日常调理方案。疾病治疗范围广泛，包含常见的四肢闭合性骨折、脱位等急性损伤性疾病；以颈椎病、腰椎间盘突出症、骨关节炎等为主要的慢性筋骨病损类病症；以及痛风性关节炎、强制性脊柱炎等为主要的内伤疾病。

疾病治疗手段丰富，结合中医骨伤科学、推拿学精髓与现代康复诊疗方法，运用骨折脱位手法复位、夹板固定、推拿正骨、中医定向透药、中药熏蒸、穴位敷贴、关节腔注射、针灸、拔罐、神经阻滞、穴位注射、中药外敷等方法综合治疗骨伤科及内科常见病、多发病。

中医治未病学科是浦东新区中医“治未病”高峰学科建设单位。以中医“治未病”理论为指导，通过“未病先防、欲病防发、已病防变、病后防复”干预亚健康状态、失眠、疲劳、肥胖、代谢综合征、慢性盆腔炎、膝骨关节病、乳腺疾病、月经病、更年期综合征等。

全年对“治未病”适宜人群提供中药、针灸，理疗、药茶、药膳，穴位敷贴、冬病夏治、膏方等“治未病”服务。针灸专科形成了以针药结合治疗更年期综合症、月经不调、痛经等优势病种的中医妇科针灸特色专科。“从脾论治”针刺治疗中心型肥胖症伴代谢性疾病是浦东新区传统型临床示范学科。

“主取督脉”治疗颈椎病、腰椎病、肩周炎，膝关节炎等运动系统疾病。针药结合治疗失眠、抑郁症、中风后遗症、三叉神经痛、面瘫、面肌痉挛、帕金森病、易激综合症、溃疡性结肠炎等疑难病症。程玲主任入选浦东新区名中医，延续秦氏针灸的传承工作。

中医外科融合传统与现代医疗、内治与外治、被动与主动、预防与康复为一体的全程诊疗服务体系。

治疗病种包含颈椎病、腰椎间盘突出症、骨关节炎、痛风性关节炎、强制性脊柱炎、四肢闭合性骨折、脱位等；并开展内科疾病的推拿理疗，为患者个性化量身制定专属的防治调理方案。治疗手段丰富，运用手法复位、推拿正骨、定向透药、中药熏蒸、穴位敷贴、关节腔注射、穴位注射、中药外敷等方法治疗骨伤科及内科常见病、多发病。经过历年发展，中医科被评为上海市“综合性医院示范中医科”，

中医内科、针灸科先后被列入浦东新区传统型中医临床示范学科，中医脂肪肝专科被列入上海市中医特色专科；

中医脑血管病专科、中医冠心病、中医妇科针灸治疗分别被列入浦东新区优势领先专科及中医特色专科；儿童脂肪代谢异常及儿童肥胖症中医药特色治疗被列入浦东新区中医药特色品牌。承担同济大学医学院本科及硕士教学工作，承担国家自然基金项目1项，市、局级项目7项，区级项目16项；入选国家级、上海市、同济大学、浦东新区中医人才培养项目共13项。参与国家级、上海市科委、上海市卫健委课题多项。