上海市东方医院消化内镜科各功能区布局合理，环境温馨、舒适。现拥有先进的消化道电子内镜主机及高清晰电子胃镜、经鼻胃镜、电子肠镜、放大内镜、电子十二指肠镜、电凝电切设备和氩等离子凝固电切设备，并拥有先进的全自动内镜清洗消毒设备、数字减影X光设备及其他相关的配套设备。大大提高胃肠镜检查的舒适性及准确性。

目前已有多位国内外著名专家为中心教授，除开展常规的胃镜与肠镜检查、内镜下微创治疗胃肠道息肉、消化道良恶性狭窄的内镜介入（气囊扩张，金属支架置入）外，开展内镜黏膜下剥离术(ESD)，在早期消化道肿瘤诊治方面与国际同步；进行食管胃底曲张静脉套扎与栓塞治疗；逆行性胰胆管造影术(ERCP)及其相关的内镜下治疗，微创治疗胰、胆疾患；超声内镜（EUS）及细针穿刺（FNA）的诊治。

并针对急性结直肠梗阻开展内镜下引流术，急性化脓性梗阻性胆管炎的鼻胆管引流术，消化道异物及各种急性消化道出血开设急诊内镜绿色通道。