上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心肿瘤外科，成立于1998年上海儿童医学中心建院之初，目前共有床位41张，日间手术病区床位10张，此外还有新生儿病房、母婴病房、NICU、PICU和特诊手术病房。亚专业包括小儿肿瘤外科、小儿微创外科、小儿整形外科、新生儿外科和血管外科。在全国著名小儿外科施诚仁教授引领下肿瘤外科在新生儿畸形、儿童肝胆疾病、儿童实体肿瘤、儿童口腔颌面部畸形、儿童血管外科等领域取得了巨大成果，得到了同行的认可。

肿瘤外科全国较早在国内开展肿瘤多学科协作治疗模式，通过肿瘤内外科、病理及影像科的团队协作，儿童实体肿瘤远期疗效接近国际先进水准。小儿微创外科从2000年起举办了数届全国儿童腹腔镜学习班，领域涉及小儿普外科、心胸外科、泌尿外科、骨科、神经外科等，取得了良好的声誉。小儿整形外科和上海第九人民医院整形科合作强强联手，开展了早期婴幼儿唇裂、腭裂、面部畸形的手术整形，取得了良好的疗效及社会口碑。

针对儿童胆道闭锁、肝门静脉畸形等各种肝终末期疾病率先和上海仁济医院合作开展亲体肝移植，目前已经完成2000余例，荣获国家科技进步二等奖。新生儿外科依托新生儿病房是上海市危重新生儿抢救中心。