上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心口腔科，是全国小儿鼾症多中心研究组成员单位、新生儿听力筛查专家组单位、上海市首家儿童听力障碍诊治中心所在地及上海市人工耳蜗植入定点医院。
近年来着重于学术梯队建设，学科基础设施得到进一步完善，师资队伍建设取得成效，科研实力明显增强。在基础设施不断完善的前提下，科室在人才引进和培养上也取得了喜人的成绩。目前，现科室有在编医师、研究员及技术员共28人，另聘有1位顾问教授、1位客座教授，形成了强大的学科人才梯队。科室定期派遣中青年学术骨干赴美国顶尖的儿童医院进修学习，保持长期合作关系，又从国内外引进多名专业人才，全力打造国际一流的小儿特色耳鼻喉口腔颌面外科。
长期以来，科室集中力量对儿童睡眠及听力疾病进行系统性的临床及基础研究，并先后获得国家自然科学基金、上海市科委、上海申康、上海市卫健委、浦东新区科委等多项科研课题研究任务。多项研究成果已经在国内外重要学术期刊上发表。近年来受国家卫计委的委托，负责全国小儿鼾症多中心临床研究及全国新生儿听力筛查及干预工作，并取得良好成果。
科室目前年门急诊量近20万人次，年手术量2000余例。耳鼻喉科现有7个亚专业：睡眠障碍、听力障碍、鼻变态反应疾病、气道疾病、耳畸形整复、耳聋分子遗传分析、头颈肿瘤。口腔科现有4个亚专业：口腔内科、口腔外科、口腔粘膜疾病、早期矫治。
上海儿童医学中心睡眠障碍诊治中心是上海市首家儿童睡眠障碍诊治中心。下设有睡眠障碍联合门诊，鼾症门诊，睡眠专科门诊。团队拥有呼吸睡眠专家，儿童行为保健专家，心理咨询师，口腔颌面专家，耳鼻咽喉头颈外科专家，中医治疗师。可以对儿童的睡眠问题进行行为干预治疗（如睡眠行为的矫正，减重），药物治疗，手术治疗，口腔颌面正畸，CPAP等全方位的临床治疗。
中心拥有整夜多导睡眠监测，睡眠初筛（手环和呼吸心律耦合技术），为儿童睡眠疾病的诊断提供多种方法和技术。可以进行药物诱导的睡眠内镜检查，睡眠电影MRI的检查，为各种复杂的儿童睡眠疾病的诊断提供有力的技术支持。针对“腺样体面容”患者，可进行各种口腔早期矫治。科室在儿童阻塞性睡眠呼吸暂停综合症（OSAS）的综合治疗方面经验丰富，手术范围涵盖耳鼻咽喉-头颈外科多个领域，临床诊疗水平达到国际先进水平。
儿童听力障碍诊治中心拥有国际先进的检查设备，可以出色的完成婴幼儿的各种听力测试，测试项目涵盖ASSR（多频稳态诱发电位）、Tone-BurstABR（频率特异性脑干电位）、OAE（耳声发射）、声场测试、纯音测听等。听力障碍诊治中心特设听力专科门诊，配备专业的听力医师，负责婴幼儿助听器的选配和调试。听力障碍诊治中心下设人工耳蜗植入中心，为患者提供精准的影像学和听力学诊断，完善的儿童行为评估，中心还设立了快速的手术预约通道。
目前已开展小切口手术入路、同期双侧人工耳蜗植入、圆窗膜开窗等国际主流领先技术，并和美国言语培训医生合作，利用先进的言语培训团队，打造了具有特色的儿童人工耳蜗植入中心。是目前耳蜗植入患者年龄最小的医院之一。卓越的麻醉技术以及先进的术后监护，为各种伴有复杂先天性疾病的孩子进行手术提供安全保证。此外，听力中心开展多项国际先进技术，如咽鼓管球囊扩张术治疗复发性分泌性中耳炎、耳窥镜下鼓室成形术治疗胆脂瘤中耳炎等。中心长期和国内外多家慈善基金会合作，为来自贫困地区的孩子提供一定的医疗资助，旨在造福万千听障儿童。
鼻变态反应疾病诊治中心针对近年来儿童鼻炎逐渐高发的情况，开展过敏性鼻炎的基础及临床研究，设立专门的过敏性鼻炎专科门诊，通过过敏原筛查等手段，开展专项脱敏治疗，取得良好效果。
气道疾病诊治中心除开展喉部肿瘤、梨状窝瘘、先天性喉软骨发育不良等治疗外，对各种气道疾病的治疗日趋成熟，软质气管镜与硬质气管镜联合治疗气道异物的技术已经成为常规操作。应用球囊扩张、氩气刀、钬激光治疗儿童气道狭窄取得较好的疗效，最近开展的自体肋软骨移植治疗婴幼儿喉狭窄的手术达到了国际水平。
耳畸形整复中心于2016年开始于国内同步率先开展先天性耳廓畸形的无创矫治工作，可针对先天性的耳部形态畸形进行早期干预，避免未来的有创的手术治疗。
耳聋分子遗传诊治中心依托上海儿童医学中心转化所平台开展工作，儿中心转化所是国内首家儿科转化医学研究机构。可以针对聋儿患者进行全面的全基因检测，及早发现耳聋患者并明确病因。及早发现聋病易感基因携带者，为夫妇再生育提供指导。
口腔内科：
乳牙龋病、牙髓根尖周病的治疗，年轻恒牙的保髓治疗（盖髓术和活髓切断术）及根尖诱导形成术，前牙外伤冠折的光固化美容修复，龈上洁治术，乳、恒牙的窝沟封闭与涂氟等。
口腔外科：
多生牙、复杂牙拔除术，唇粘液囊肿摘除术，舌系带过短延长术，急诊外伤清创缝合术等。
口腔粘膜：
牙龈炎、溃疡、疱疹性口炎、鹅口疮，地图舌、口角炎等的诊治。
早期矫治：
乳牙期、替牙期反牙合、轻中重度拥挤，乳牙早失间隙的保持，口腔不良习惯的破除等。对青少年各类牙列不齐、下颌后缩、反颌的矫治等原因导致的错颌畸形使用隐形、活动性、功能性矫治器等多种手段进行早期矫治。