复旦大学附属中山医院呼吸科，与危重医学科是由我国著名肺病学家、防痨事业奠基人之一吴绍青教授于上世纪30年代创立的肺科发展而来。也是国内最早建立的肺病学研究室。吴绍青教授在结核病防治和肺功能检测的方面做出了开拓性的贡献。随后李华德教授在肺功能设备研发，培训和推广，呼吸机和血气分析仪研制，机械通气用于呼吸衰竭救治方面做了大量的开创性工作，是现代呼吸病学的奠基人之一。贾友明教授和张敦华教授在支气管镜介入诊断和内科胸腔镜的操作及规范上做出了引领性的贡献。
钮善福教授在无创通气的应用与推广上，以及无创面罩的研发上做了突出的成绩，无创通气的使用使得慢阻肺呼吸衰竭救治成功率显著改善，并降低了气管插管率。何礼贤教授在免疫抑制宿主肺部感染的发病机制和诊断治疗在国内较早进行了深入的探索，并取得了显著的进展。白春学教授率先提出了“物联网医学”的概念，在物联网医学的布局和内涵研究上引领了业内的发展，在肺部小结节的诊治上，利用人工智能辅助诊断早期肺癌，并牵头制定了亚太地区的肺结节诊治指南，利用中国肺癌防治联盟提出了百千万工程的计划，并在医院开展了三个月肺结节诊治单修的计划，用于培养肺部小结节诊断和鉴别诊断的人才。
2004年、2007年先后入选上海市医学重点学科、上海市重点学科。2012年获批上海市“重中之重”临床重点学科，同年入选首批国家卫生和计划生育委员会临床重点专科建设项目。2015年入选上海市公共卫生重点学科建设项目。2017年再次获批上海市“重中之重”临床重点学科。2018年获中国医师协会呼吸医师分会PCCM建设示范单位。
1997年联合中山医院胸外科、华山医院呼吸科、儿科医院呼吸科、肿瘤医院肺癌组和上海市第一肺科医院共同成立复旦大学医学院（原上海医科大学）呼吸病研究所。2012年联袂华东医院、瑞金医院等成立上海市呼吸病研究所。2021年获批成立上海市肺部炎症与损伤重点实验室、上海市呼吸物联网医学研究工程中心。为提高上海呼吸病研究、推动科技成果转化、培养优秀呼吸人才提供重要平台。
同时兼管上海市呼吸内科临床质控中心，提升了全市呼吸疾病的规范化诊疗水平。
本学科目前有14位正高（主任医师/教授/研究员，其中博导8位）、9位副高（副主任医师/副教授）、24位主治医师、5位住院医师、4位研究人员、12位技术人员。学科发展愿景为“接轨国际，面向世界，服务病人，造福社会”。发展目标为：“变底层建设为顶层设计、变学术紧跟为学术引领、变实用新型为国际发明、变中国制造为智能创造”。培养了符合双一流要求的“国际大会有声音、国际杂志有影响、国际学会有位置、国际社会有认可”国际四有团队；创立了物联网医学，并占领了物联网医学和肺结节诊治的国际制高点；展示了“顶层设计、学术引领、科技创新和智能惠众”的优势。
此外，密切结合疾病谱变化及我国呼吸科临床需求，形成了五大亚专科。
一、呼吸危重症：
开始于上世纪50年代末，出版了一系列机械通气和临床肺功能专著，正在建设物联网eRICU呼吸重症监护室，开展了体外膜氧合（ECMO）、血液净化，俯卧位通气，保护性肺通气，EIT等技术。最早在国内开展无创正压通气、保护性机械通气、心肺功能监测、肺泡液体转运与肺水肿治疗。新型通气面罩的开发和救治技术的提高扩大了无创机械通气的适应证，在新冠治疗中也发挥了积极的作用。目前在开展重症肺炎综合诊治，干细胞治疗ARDS的临床研究及ARDS药物研发和临床预警平台建设。
二、慢性气道疾病：
上个世纪50年代开始在肺功能和呼吸生理研究基础上，开展肺功能的培训与质控，呼吸慢病的诊断与管理。2000年开设上海首个哮喘专病门诊，2002年开设华东首个慢阻肺专病门诊。近年来，提出“基于手机的云加端物联网医学”，研发出全球首个物联网PM2.5肺功能仪，物联网辅助慢阻肺管理系统，物联网+助力该喘优化管理系统，牵头制定全球首个AECOPD共识，在国内设立20余家物联网医学示范基地，对提高同质化分级诊疗水平起到了引领作用。目前在开展物联网慢病管理，穿戴设备诊断呼吸疾病，物联网家庭无创通气和呼吸康复等工作。
三、肺部肿瘤和介入：
2002年1月28日建立全国首家肺部肿瘤综合诊疗中心，2007年建立肺癌靶向治疗门诊，2014年提出肺癌诊断端口前移、重心下沉的顶层设计，牵头制定“亚太肺结节评估指南”和中国首个“肺结节诊治”共识，开创了中国呼吸界牵头国际指南历史，研发BaiDX物联网肺结节诊断系统，激光共聚焦技术，物联网辅助肺癌靶向治疗管理系统。国内最早开展内科胸腔镜等用于胸膜疾病的诊断。2012年建立中国肺癌防治联盟，在全国120家大学医院与710余家地市级和县级医院建立肺结节诊治分中心，在亚太呼吸学会、斯里兰卡推广肺结节评估指南。
四、肺部感染：
开展传统微生物学和分子诊断相结合的微生物鉴定方法、肺部感染的临床诊治、院感防控、免疫抑制宿主肺部感染的临床和基础研究，PJP血流感染的分子诊断。负责呼吸机相关肺炎的临床处理、预防控制等指导文件的制订，与企业一起联合研发基于多重PCR的病原微生物快速诊断试剂盒，开展重症肺炎的临床试验，并积累了中西医结治疗重症肺炎的经验。
五、间质性肺病：
传承间质性肺疾病规范诊疗理念，除传统肺功能检测、支气管镜肺泡灌洗、支气管镜肺活检等诊断技术外，积极开展运动心肺功能、六分钟步行距离、支气管镜冷冻肺活检等诊断技术及间质性肺疾病呼吸康复。开设有间质性肺疾病专病门诊、肺淋巴管平滑肌瘤专病门诊，并积极推广间质性肺疾病MDD诊疗模式。先后参加多项抗纤维化药物国际及国内多中心临床研究。目前开展研究包括间质性肺疾病AI影像定量分析、探索可用于间质性肺疾病诊断或监测的新型肺功能指标及基于“诱导痰技术平台”的生物标志物等。
学科同时拥有睡眠室，支气管镜室，肺功能室。其中支气管镜室同时也是国家卫生健康委基于电磁导航系统的早期肺癌精准诊疗试点单位。目前学科还是中国肺癌防治联盟，国家老年医学中心老年肺部感染与呼吸衰竭防治联盟等的挂靠单位。
学科在科研方面先后承担科技部七五，八五攻关课题，卫生部重点项目，近年来先后承担两项自然基金重点项目，一项自然重大子课题，两项科技部重点研发，一项973子课题，以及60余项自然基金面上和多项国家级和省部级课题，申请专利120余项，转化10余项，先后以第一或通讯作者在Lancet，JAMA-internalMedicine，AmJResCritCareMed，ERJ，CriticalCareMed，JCMM等发表论文500余篇，先后获得国家科技进步奖（二等奖，排名第二），上海市医学科技奖，上海市科技进步奖，中华医学奖等。2020年科室获上海市模范集体称号。
学科重视教学工作，每年招收博士生和硕士生20余人，多人毕业后获得自然基金青年项目和省部级人才计划。进修人员每年60-70人，目前开展围绕重症，康复，气道疾病和肺功能，睡眠，感染性疾病诊治，肺癌与介入等单修，专修和PCCM专培，为全国培养了大量的医学人才。
呼吸学科在呼吸道新发传染病的防控上发挥了积极的作用，在SARS，H7N9，新冠病毒病的防治上都冲在最前线，积极挽救了患者的生命。在对外援助上，与对云南，西藏等地的医院开展了援建工作，带动了当地医疗技术的进步。
在对外合作上，学科秉持医院的院训，历年来深化科研加强转化，并与国内外企业和医学院校研究机构等建立了长久的合作平台，培养了具有国际视野和转化医师的一批骨干，带动了诊疗技术的提高。