上海市胸科医院病理科，现有31人，正高级职称2人，其中博士生导师1人，副高级职称3人，中级职称3人。硕士学位10人，博士学位3人。中华医学会病理学分会胸部疾病学组副组长及中华病理学杂志编委1名。病理科是上海交通大学博士培养点和上海市病理专科医师培训基地（胸部疾病）。

科室下设病理诊断组、细胞学诊断组、分子病理诊断组、常规病理技术组，以及免疫组织化学检测室及分子病理实验室（国家卫计委病理质量控制中心（PQCC）示范实验室）。

科室开展肺、纵隔、食管等胸心疾病常规病理诊断约2万例/年，术中快速冷冻切片诊断约2万例/年、胸部各类肿瘤活检、穿刺、脱落细胞学检查、膜式液基细胞学及胸水细胞块检查，免疫组织化学，特殊组织化学染色。

分子病理学实验室拥有多个基因检测平台，包括AgilentMx3000p、ABI7500FastRealTime、CobasZ480等RT-PCR平台；ABI3500Dx基因测序仪，QuantStudio3D数字检测平台，IlluminaMiseq/NextSeq500、IorTorrentS5/PGM高通量二代测序平台；Fish原位荧光杂交检测平台和ZEISS-Metasystems快速荧光扫描分析系统。可检测如肿瘤组织/体液（胸水）各类驱动基因变异（点突变、基因扩增、基因融合、基因拷贝数扩增）、淋巴造血肿瘤基因重排、分枝杆菌鉴定等。

常规开展各种肺癌靶向治疗、免疫治疗相关分子标志物筛选临床检测，具备各种检测平台。RT-PCR平台每年检测肺癌驱动基因EGFR>7000例、ROS1>3500例、KRAS/BRAF>1500例、ALK>4000例（IHC+RT-PCR）；FISH平台每年检测各类基因融合/扩增>500例；有基于Life和Illumina检测平台的二代测序检测；淋巴瘤基因重排约100例/年；ABIArcturusXT激光捕获显微组织切割仪，可对微量肿瘤组织进行显微切割，最大化富集肿瘤细胞。

承担国家自然科学基金1项、上海市科委课题2项、申康医学中心科研课题1项、上海市卫计委智慧医疗课题等2项。在JTO等肺癌研究有影响的杂志上发表SCI及中文核心期刊论文30余篇，并主编出版专著《胸腺肿瘤病理学诊断图谱》、《临床病理诊断与鉴别诊断-气管、肺、胸膜及纵隔疾病》，作为发起单位编写《肺腺癌术中冰冻诊断共识》。

与国内、外学术交流频繁。每年举办一届胸肺疾病病理诊断学习班，邀请来自国内外肺癌、胸腺瘤等知名专家。与交通大学、交大医学院等科研院所有密切合作。

病理科加强学术交流及与临床各个科室的MDT，努力建设具有“国际学术视野”、“密切结合服务临床”和“培养青年人才”的平台，广泛吸纳有志在诊断病理、分子病理领域人才，形成一个年富力强、创新能力强、临床与科研紧密结合的病理团队。