伴随着上海市胸科医院成立，药剂科开始了它的风雨历程，一开始为药房，后升格到药剂科。随着流逝的年月，经过多少新老交替，药剂科带着岁月的印痕，一步步走到今天。
药剂科是医院存储、配送、调剂、药品管理以及药师从业和提供药品咨询的场所，为患者提供高品质的医疗服务的业务部门，也是医院不可获缺的技术部门。经过多年发展，目前药剂科下设门急诊药房 、中药房、药库、住院药房、制剂室、静脉药物配置中心、临床药学室等部门。人员配备：主任药师1名，副主任药师2名，主管药师3名，药师14名，中药师1名，药士2名，配备临床药师3名。学历结构：博士1人，硕士1人，大学本科3人，大专11人。
门、急诊药房是药剂科最基本的部门，主要提供药品调剂和配发工作，也是提供药学服务的一个窗口。有多名资深药师，并采用开放式柜台以提供更人性化的服务。设立专门的药物咨询窗口，提供药物咨询服务。实施双人复核与处方合理审查，保障用药合理、安全。急诊药房提供24小时服务，保障急诊用药。
中药房配备专职中药师，提供中药饮片方面的药物咨询，严格把关中药饮片质量，由熟练操作的中药师调配中药饮片，保证饮片调剂每剂重量误差≤±5%，并提供代煎服务。
药库是药品采购、保管、分发的部门，承担着医院药品供应的重任，由多名资深药师担任，并接受我院药事管理委员会的领导和监督。药库配备阴凉库房，保证药品按要求储存。
住院药房是为住院病人提供药品调剂的部门，开展单一调剂给药工作，为临床患者提供更贴切的服务。
制剂室是配制各种制剂的部门。医院制剂室曾经辉煌过，在二十世纪八、九十年代配制了数十种制剂，为我院临床提供了丰富的特色制剂，并开展了一系列制剂研制工作。至今医院仍保留了心脏停搏溶液（原名心肌保护液）等特色制剂，为医院临床治疗做出了贡献。
静脉药物配置中心（Pharmacy Intravenous Admixture Services, PIVAs）是采用先进的设备，严格的管理，为住院病人提供高质量、安全、有效的静脉注射药物的部门。医院PIVAs是一个年轻的部门，2003年成立，建筑面积300平方米，包括抗生素及细胞毒性药物配置间、普通及肠外营养药物配置间，承担所有住院病人静脉药物的配制工作。
临床药学室是开展临床药学研究和实践的部门，临床药学是医院药学发展的中心。医院配备了3名临床药师，承担查房、会诊、专业咨询、药物科研、不良反应监测、药讯制订、药物信息收集等工作。
通过多年努力获得了以下荣誉：
1995年，门诊西药房被评为1995年度上海市卫生系统“文明规范服务示范窗口”。
1995年，门诊中药房被评为上海市卫生系统“文明规范服务文明窗口”。
1996年，门诊中、西药房被评为上海市卫生局系统95-96年度“三八红旗集体”。
2000年，中药房被评为上海市卫生局“三八红旗集体”。
2001年，中药房被评为上海市卫生系统“文明班组创建特色”二等奖。