上海市儿童医院新生儿科，创建于1959年，1983年建立我国最早NICU之一。1999年被上海市卫生局确定为上海市儿童急救中心。2001年率先开展新生儿急救转运工作。2010年成为上海市危重新生儿会诊转运中心。2011年NICU作为PICU的重要部分，通过儿科重症医学国家重点专科评审。
2014年启用的泸定路院区新生儿病区面积近3000平方米，为30万级层流病房，床位102张（含NICU床位35张）。2015年北京西路院区改造后的新生儿病区正式启用，床位50张，诊疗环境明显改善，同时增设新生儿“亲子陪护病房”，这在本市儿童专科医院中尚属首创。年收治新生儿4000余例。
通过几十年的发展，新生儿科已发展成为包括新生儿内科、新生儿外科、新生儿特色整合随访门诊、新生儿实验室在内完整的专业体系。
新生儿内科包含新生儿重症监护、早产儿综合管理救治及随访、感染、呼吸、消化、神经、营养和代谢等亚专科，开设新生儿内科、早产儿随访、新生儿黄疸等专科门诊。新生儿外科开展各类新生儿外科复杂疾病的诊断与治疗，拥有新生儿外科亚专科的各个梯队，包括普通外科、神经外科、心胸外科、耳鼻喉头颈部外科。目前，新生儿科硬件设施、专业技术水平、学术水平均达到国内领先水平。
拥有优秀的新生儿专业团队
在一院两区定位下，坚持本院自身培养与引进优秀人才相结合策略，新生儿科一直重视学科优秀人才队伍建设。现有新生儿专科医师34名，博士学位6人，硕士学位17人，硕士研究生导师4名；其中，主任医师4名，副主任医师7名，中青年临床医师大多数具有博士、硕士学位，不仅具有较好的临床能力，还掌握先进的科研技术，形成一个较强的学科人才队伍。
科室拥有高素质的护理队伍，94名护理人员，有副主任护师1名，主管护师10名，护师21名，护士62名；其中本科学历25名，大专学历59名。常规开展深静脉置管、PICC置管、脐血管及桡动脉穿刺测压、腋静脉穿刺、脐静脉换血术、鸟巢护理、早产儿发育支持照顾等技术。
拥有先进的医疗设备
新生儿科拥有NICU抢救单位（生命岛）30套，最先进的新生儿常频呼吸机、新生儿专用高频呼吸机25台，长颈鹿多功能暖箱30台、CPAP治疗仪15台、空氧混合仪及高流量鼻导管氧疗仪（HHFNC），配备大量全功能婴儿辐射抢救床、进口早产儿保暖箱、心电监护仪、经皮胆红素测定仪、蓝光治疗床、脑血流检查仪、脑功能监护仪、脑组织氧饱和度检测仪、振幅整合视频脑电图、亚低温治疗仪、NO治疗仪、床旁心血管超声诊断、血气分析仪、床旁血液净化治疗仪等仪器。
可在危重新生儿床边进行X线摄片、彩色多普勒B超仪、头颅B超、心脏彩色多普勒检查。
拥有明显的技术优势和专科特色
1、新生儿呼吸支持技术：开展床边血气分析、血气饱和度监测、多功能生理监护，并应用肺表面活性物质、CPAP、常频机械通气、高频振荡通气、NO吸入治疗、HHFNC等救治措施成功救治大量呼吸衰竭新生儿，救治成功率在95%以上。
2、危重症新生儿血液净化技术：常规开展外周动静脉同步全换血术治疗重度新生儿高胆红素血症；1997年起开展CVVHDF，是国内最早使用CVVHD的单位之一；率先在上海市开展新生儿血液净化技术，在感染性休克、MODS、肝肾功能衰竭、严重遗传代谢性疾病的治疗中起到举足轻重作用。
3、极低和超低出生体重儿的救治：建立一整套系统的早产儿综合救治管理模式，使近3年来极低和超低出生体重儿救治存活率保持在90%以上，并发症和后遗症发生率不断降低，平均住院时间不断缩短，成功救治最小胎龄25W+5、最低出生体重650g早产儿。
4、危重症新生儿急救转运技术：2001年率先在上海市内开展新生儿急救转运工作。2010年成为上海市危重新生儿会诊转运中心。危重症新生儿转运关系到危重症新生儿救治水平，有效提高危重症新生儿存活率，并做好转运后的回访工作。转运网络单位由最早8家发展至34家，年转运新生儿1500例。
5、亚低温治疗技术：在国内较早引进、在上海市内率先应用选择性头部亚低温疗法治疗中重度缺血缺氧性脑病，并开展全身亚低温疗法治疗中重度缺血缺氧性脑病的有效性、安全性研究，并在亚低温治疗期间开展振幅整合视频脑电功能监测。
6、新生儿遗传代谢病筛查与诊治：开展二代测序法、串联质谱法和质谱-色谱法进行新生儿遗传代谢性疾病的筛查和诊断，并开展血糖、乳酸、血氨、血电解质、血脂、血氨基酸等监测。
7、早产儿视网膜病变（ROP）筛查和治疗：对早产儿视网膜病变进行规范性筛查，及时发现，及时转院，尽早干预，降低致盲风险，也减少许多医患纠纷。
8、持续脑功能和脑组织氧饱和度监测：新生儿科是国内开展新生儿脑功能监测和脑组织氧饱和度监测最早的单位之一，能对新生儿脑损伤患儿进行实时、动态监护。
9、新生儿外科手术治疗及围术期监护：拥有各种诊断监护设备，能对新生儿心脏、普通外科、泌尿外科及耳鼻喉头颈外科疾病进行快速准确的诊断，已开展包括ASD、VSD、PDA、法洛氏四联症、大动脉转位、主动脉弓离断、完全肺静脉异位引流、右心室双出口、永存动脉干、肺动脉闭锁、NEC、先天性膈疝、胃肠穿孔、肠旋转不良、肠闭锁、肠梗阻、巨结肠等在内的各种新生儿心脏、腹部等外科手术。
10、新生儿特色整合随访门诊：新生儿科特色整合随访门诊随访对象为3类病人，早产儿、脑损伤/脑病及呼吸机通气的危重新生儿，密切监测患儿的生长发育，尽可能改善患儿预后，更好为儿童服务。
科研学术及获得奖项
新生儿科在80年代初获卫生部与联合国儿童基金会“小儿急救与培训”项目资助。1994年获上海市医学领先学科预备项目资助。通过上海交通大学985工程建设学科项目预审，批准成立危重病研究所。获上海市公共卫生体系建设新三年行动计划“上海市儿童医院急救中心”项目。
近5年来，裘刚、龚小慧等主任兼任全国、上海市医学会委员，及多家医学杂志编辑部编委或审稿专家；新生儿科在国内核心杂志发表论文30余篇，SCI论文4篇；已培养硕士研究生已毕业6名；主持在研国家自然科学基金资助项目1项、上海市科委、上海市卫生局课题9项，已结题3项。与本院PICU联合承办国家级继续教育学习班3次。2013年获得上海交通大学医学院教学示范病区荣誉。