上海市儿童医院口腔科，是专门从事儿童口腔疾病临床诊断治疗的专业化综合科室。泸定路院区口腔科2015年7月由上海市口腔病防治院与上海市儿童医院合作建立的联合口腔门诊，目前拥有2名主治医师（固定），2名住院医师，2名专业护士，其中硕士3名，现有4台牙科治疗椅，开展了口腔普通门诊和正畸门诊。北京西路院区口腔科目前有2名主治医师开展口腔普通门诊目前主要临床诊治内容包括口腔内科，外科，粘膜科和正畸科常见多发疾病。

口腔内科疾病：乳牙龋病、牙髓根尖周病的治疗，年轻恒牙的保髓治疗（盖髓术和活髓切断术）及根尖诱导形成术，恒牙缺损修复及根管治疗，前牙外伤冠折的光固化美容修复，龈上洁治术，乳、恒牙的窝沟封闭于涂氟等。

口腔外科疾病：多生牙、乳牙拔除术，唇粘液囊肿摘除术，舌系带过短延长术，外伤清创缝合术等。

口腔粘膜疾病：牙龈炎、溃疡、疱疹性口炎、鹅口疮，地图舌、口角炎等的诊治。

正畸科：使用活动性及功能性矫治器进行早期矫治，如乳牙期、替牙期反牙合、轻度拥挤，乳牙早失间隙的保持，口腔不良习惯的破除等。

2015年北京西路院区共完成28215人次的诊疗；泸定路院区（2015年7月起）共完成9664人次的诊疗。

2016年泸定路院区将建立口腔特需门诊，届时由上海市口腔病防治院高级职称专家定时坐诊。