上海市中医医院感染性疾病科，隶属于急诊科室，2013年与肝病科整合，包括发热门诊、肠道门诊，目前共有医护人员24人，包括医生人员6人，其中主任医师1人，为肝病科主任祝峻峰主任，兼任感染性疾病科主任，主治及以下医师5人。

2021年8月9日，为响应国家防疫号召，感染科发热门诊新大楼正式启用。该楼总建筑面积1080平方米，主要功能为发热门诊、医技检查、疑似筛查和隔离留观。楼外设有发热门诊专用人行通道指引患者，以及核酸采样点完成患者及院内职工的执酸采样工作，楼内不仅设置了负乐离病房等设施，也图备了独立检验、B超及CT等辅助检查设备和ECMO、呼吸机、血液透析机等抢救治疗设备，以此实现传染病患者的"六不出门”和“闭环管理”的要求，严防院内感染的发生。

此外，肠道门诊区域也与其他就诊区域严格独立，严格进行患者就诊专册登记，对重点患者尽量做到逢泻必检，并及时向院感办公室进行传报，以此加强霍乱、伤寒和感染性腹泻等肠道传染病的管理、监测和防治工作。