中山大学附属第一（南沙）医院胃肠外科是全国首批硕士、博士授予单位，2000年成为广东省Ａ类重点学科，2002年成为全国重点学科，2010年成为“英国爱丁堡皇家外科学院&香港外科学院”普通外科住院医生培训基地，2012年成为卫生部临床重点学科。三届中华医学会外科学分会胃肠外科学组组长单位、四届广东省医学会外科学分会主委单位、两届广东省医学会胃肠外科学分会主委单位。
从1991年至2007年的16年内成功举办了9届“全国胃肠外科学术会议”；从1996年至2001年连续举办了6期全国“胃肠外科新技术高级学习班”；从2001年起举办了4届广东省医学会外科学分会学术会议、从2003年起举办了2届“中国国际肠内肠外营养研讨会”，从2008年起连续举办了5届全国“胃肠肿瘤高峰论坛”，5届全国“胃癌高级培训班”，1届全国胃癌规范化治疗巡回演讲”，从2009年起连续举办了4届“广东省医学会胃肠外科学分会学术会议”，每年不定期举办胃癌及胃肠道间质瘤学习班和手术演示。
科室整体实力被公认为全国同行的领先水平，特别是胃肠肿瘤的诊治在国内、国际胃肠外科领域具有相当高知名度。科室的多项研究成果多次应邀在国际胃癌大会（IGCC）和美国临床肿瘤学会年会（ASCO）交流，反响强烈。学科医疗技术梯队完整，能解决胃肠外科的重大、复杂和疑难病例。近十年来，随着外科手术技术的进步和整体水平的提高，使得胃癌和结直肠癌病人5年生存率提高并达到国内领先水平。
本专科设有中山大学胃癌诊治研究中心、胃肠胰腺专科、结直肠肛门专科、胃肠道间质瘤中心、临床营养中心、疝与腹壁外科诊疗中心、《消化肿瘤杂志（电子版）》编辑部、造口及慢性伤口护理专科。
临床工作
1、常见疾病：胃癌、结肠癌、食管癌、胰腺癌、胃肠道间质瘤、神经内分泌肿瘤、腹膜后肿瘤、十二指肠癌、消化道淋巴瘤、各种胃肠道良性肿瘤、消化道大出血、急腹症、消化道瘘、消化性溃疡并发症、食管狭窄、贲门失弛缓症、肠系膜上动脉压迫综合征、成人先天性巨结肠、短肠综合征、腹内外疝、直肠肛管良恶性疾病、炎性肠病等。
2、国内率先开展胃癌的规范化、标准化根治术，率先施行超扩大根冶术(D4)、Whipple术治疗进展期胃癌。迄今，已积累数千例胃癌规范化根治病例的详细临床资料，并保持有国内最大宗的胃癌D4手术病例。胃癌术后总的5年累计生存率超过50％，明显高于全国的胃癌总体生存率(37.7％)水平，优于欧美，接近日本。
3、科室胃癌标准淋巴结清扫在国际具有相当影响力，并向全国推广规范化的胃肠肿瘤根治手术。詹文华教授和何裕隆教授近年来先后受邀到北京、上海、成都等全国多家大型医学中心进行手术巡回表演和学术报告。
4、在国内最早建立全面系统的胃肠肿瘤临床数据库和严格的术后随访复诊制度。数据库已累积了5000多例胃肠肿瘤的详实资料，使科室治疗的肿瘤患者得益于严密的随访，同时基于客观数据库得出国内、国际质量更高的研究报告。在国内胃肠外科界享有较高声誉。
5、规范直肠癌全系膜切除、低位保肛手术和保护性功能的直肠癌根治术,开展结肠“J”型贮袋吻合以及拖出式的直肠癌根治手术。整体提高了直肠癌的根治切除率及直肠癌的保肛率，提高了生存率，明显降低了复发率及改善了术后生存质量。率先在国内开展前瞻性随机对照研究，取得了低位直肠癌保肛手术良好的排便功能疗效。
6、在胃肠道间质瘤诊治方面国际领先，参与国际胃肠间质瘤辅助治疗规范的制定。2004年科室主持并组织国内10大城市16间著名教学医院，开展关于高危胃肠间质瘤辅助治疗的多中心前瞻性研究。研究报告在欧洲肿瘤大会（2006.10土耳其?伊斯坦布尔）、第七届世界胃癌大会（2007.5巴西?圣堡罗）、43届美国肿瘤大会（2007.6美国?芝加哥）汇报。
7、常规开展结直肠癌、胃癌腹腔镜手术，胃结肠早期癌的内镜治疗，胃肠肿瘤双镜联合手术等。
8、常规开展外科危重症病救治和围手术期肠内、肠外营养支持。
9、科室是国内最早建立多学科团队（MDT）治疗模式的科室之一，有近20年的MDT运行经验并积极在亚太地区交流推广，现为亚太MDT培训中心。目前已经形成了胃肠胰腺外科为主导的稳定成熟的学科团队。每周一定时召开的MDT会议为每一位胃肠肿瘤患者提供最优越的个体化治疗方案。
10、科室致力于推广以手术为主的胃肠肿瘤综合治疗模式，并积累了数千例患者的治疗经验，术前新辅助化疗、术中化疗、术后辅助化疗以及肿瘤复发的后续治疗方案的应用和更新与国内外治疗指南（如：美国NCCN肿瘤临床实践指南，欧洲ESMO肿瘤临床
科学研究
1、深入开展胃癌基础研究和临床研究，目前正在进行家族性胃癌易感基因筛查、胃癌干细胞、胃癌淋巴道转移等方面的研究，研究成果获2005年度中华医学会医学科技进步二等奖和2005年度广东省科技进步二等奖，2009年度广东省科技进步二等奖及2010年度中华医学奖三等奖。
2、大力开展直肠癌保功能研究，研究成果获2006年度广东省科技进步一等奖。
3、开展胃肠道间质瘤的临床与基础研究，参与国际胃肠间质瘤辅助治疗规范的制定。
4、继续胃癌和结直肠癌数据库建设，新建立胃肠道间质瘤数据库，严格术后随访标准和制度，使该数据库得到进一步的完善和优化。数据库已累积了5000余例胃肠肿瘤的详实资料，使科室治疗的肿瘤患者得益于严密的随访，同时基于客观数据库得出国内、国际质量更高的研究报告。在国内胃肠外科界享有较高声誉。
5、开展胃癌、结直肠癌围手术期营养支持研究，特别是围手术期肠内营养在胃肠手术并发症中的应用。开展外科危重症病救治和围手术期肠内、肠外营养支持研究。科室主持并完成了全国多中心随机研究“低氮低热卡肠外营养在术后病人的应用”，是目前全球设计最严格和病例数最多的相关研究。研究结果引起国内外专家的高度重视，并成为国内营养学会制定术后肠外营养指南的基础。建立多种途径肠内营养管留置技术，开展PEG、PEJ等。
6、开展PET-CT对消化道肿瘤的评价，已实施100余例，为已发生远处转移的肿瘤患者制定合理的治疗方案提供了客观依据。
7、开展快速康复外科在消化道肿瘤围手术期的临床应用研究，进一步缩短患者的住院时间，加快患者的康复，降低住院费用。研究成果获2012年“中华外科青年学者奖”。
8、目前还开展预防性抗生素的使用、白蛋白的临床应用及消化道肿瘤患者术后生存质量分析等研究。
9、检测筛选了多种胃癌和结直肠癌肿瘤标志物，对胃癌和结直肠癌标志物作为临床常规应用在胃癌和结直肠癌的诊断与随访。在国内较早开展胃癌和结直肠癌甲基化等肿瘤标志物检测。
科室根据患者具体疾病情况，突出多学科协作诊治（MDT）模式，为每位病患提供个体化诊疗，做到“因人施策”，实现精准诊治。胃肠三科临床治疗中加快门诊各项检查速度，做到检查完毕入院即刻手术，加快病人就诊周期，既方便病人就诊，又扩大了科室的影响，吸引了来自香港、澳门以及东南亚等10余个国家和地区的病人前来就诊，整体诊疗水平达到国内先进水平。