北京大学深圳医院乳腺、甲状腺外科，于2004年12月建科，现为"广东省重点专科"，“深圳市临床重点学科”，“深圳川市甲状腺疾病防治中心”。床位68张，2021年科室年门诊量超过7万，出院病人6641人次，住院手术总量为4159台，其中乳腺癌手术636例，甲状腺癌手术1288例。

科室坚持学科发展和建设，结合深圳乳腺、甲状腺病人年轻的特点，大力开展乳腺、甲状腺腔镜美容手术。先后在深圳市率先开展"腔镜乳腺全切术"、"腔镜乳腺癌根治同期乳房成型术"“"腔镜乳腺癌保乳手术”、"经口腔前庭甲状腺癌手术"、"不同入路(胸乳、口腔)联合完全腔镜侧方淋巴结清扫术"等，保证了患者术后较高的生活质量。

为推进专科类疾病防治体系建设，深圳市卫健委确定由我科牵头建立"深圳市甲状腺疾病防治中心"组建甲状腺疾病防治联盟，全面提升深圳市甲状腺疾病的预防、诊治能力，形成"预防保健、临床诊疗、健康管理"-体化的重大疾病防治模式。

2017年科室引进"中山大学孙逸仙纪念医院宋尔卫院士团队"为"三名工程"团队，宋尔卫院士、刘强教授、苏逢锡教授、饶南燕教授、聂燕教授等，定期到科室指导临床、科研和教学工作，使学科发展有了长足的进步。

科室是"全国甲状腺术中神经监测培训基地"、"中华医学会甲状腺代谢学组腔甲中心单位"、“广东省省静脉治疗专科护士培训基地”，还牵头成立了由22家单位参加的"深圳乳腺肿瘤整形及乳房重建联盟"。

科室近5年获得各级科研基金年均150万，形成"乳腺癌前哨淋巴结造影定位活检"、"乳腺癌新靶点的研究"、"乳腺癌生长微环境基础研究"、"甲状腺癌分子诊断与预后标记物"等研究方向。近几年科室加大人才引进力度，先后从美国耶鲁大学、密歇根大学等引进多名优秀人才，其中4人获得深圳市政府认定的高层次人才，

科室是中国医师协会甲状腺外科医师分会常委单位，广东省医学会乳腺病学分会和广东省抗癌协会乳腺癌专委会，以及广东省医师协会甲状腺专委会的副主委单位。