北京大学深圳医院儿童保健门诊，是预防保健设置的促进公共卫生工作的门诊，重点配合医院妇幼保健业务的婴幼儿保健环节，负责儿童（0-3岁为主）健康检查和残疾儿童报告工作，对健康体检的婴幼儿进行评估并指导家长们进行科学教、养儿童，纠正不科学的教养方法和误区。

结合医院专科优势，儿童保健门诊与产科、眼科等联合开展了视力、听力筛查，让家长可以及时发现并及时到专科进行视、听觉的进一步检查。发现体弱儿、营养不良、肥胖、贫血及佝偻病能嘱咐家长定期回来复查或转社康进行跟踪检查，直到正常为止，同时做好专项管理；发现高危儿（早产、低出生体重、窒息）和发育异常的患儿能及时予以指导、转诊；认真按业务主管部门要求开展儿童心理筛查和指导；积极举办科学育儿的母婴保健知识讲座，深受婴幼儿亲属的欢迎。

儿童保健门诊与产科一样纳入市妇幼保健管理系统，录入的婴儿健康体检信息能传输到市妇幼保健管理系统，让相关单位共享儿童保健信息。

目前儿童保健门诊工作人员有6名：主任医师1名，副主任医师1名，主治医师3名，医师1名。