苏州大学附属第二医院中医科，成立于开院伊始，为医院的一级科室，目前有主任医师1人，副主任医师4人，主治医师5人，住院医师5人，护士12人。其中具有博士学位1人，硕士学位6人。

科室年门诊人次在2万以上，随着科室发展，逐渐增设了中医内科、中医妇科、中医肛肠科、中医伤科、中医针灸科等二级科室，并有冬病夏治、冬令膏方、颈腰痛、治末病等特色门诊。

中医内科以脾胃病、心脑血管疾病、肿瘤疾病治疗为发展方向，积累了一定的治疗经验。针灸理疗科在颈肩腰腿痛、面瘫、偏瘫等疾病治疗上有一定的特色。同时肛肠疾病的中医特色治疗，中医妇科的月经病、不孕症方面的治疗也有一定影响力。