苏州市立医院药剂科是国家临床药师培训基地、国家临床合理用药示范基地、国家药物临床试验机构、苏州市临床重点专科，是医院药事管理与药物治疗学委员会的常设机构，集药品供应管理、制剂生产、药品质量控制、药学服务、科研、教学等为一体的医技科室。

药剂科下设3大部门，即药品调剂室、药品供应及质量监控室、临床药学室。其中药品调剂室包括门诊药房、儿科药房、草药房、母子药房、急诊药房、中心药房和静脉用药调配中心，药品供应及质量监控室包括药库、药品检验室和制剂室，临床药学室包括药品不良反应监测室、《药学讯息》编辑组、药物信息组及临床药师组。

药剂科实行二级管理模式，制定了相应的规章制度及标准操作规程。所有药库药房均实行信息化管理，住院药房口服药品实行自动包药机单剂量调配，门诊采用电子处方，能准确、及时地为患者提供服务。制剂室有制剂品种44个，年产值约500万元。静脉用药调配中心的药事工作使用全流程智能化系统在全国处于领先地位。临床药学不断深入进一步提高了医院的合理安全用药的水平。