儿科分为：儿科一区，儿科二区，儿科三区。
儿科一区（新生儿科）设在住院大楼四楼，为惠州地区唯一的新生儿专业科室, 病床编制40张，有新生儿主任医师1名，副主任医师3名，主治医师2名和训练有素的专科医护人员，病区装修一流，配置了一大批当今国内外先进的检测、监护、治疗、抢救设备，共60余件价值600多万，并配有中心供氧、中心吸引和先进的空气消毒统等。
监护中心采用全封闭无陪伴管理，从成立以来已治愈几十种危重新生儿疾病，例如：新生儿重度窒息、颅内出血、缺氧缺血性脑病、肺透明膜病、肺出血、重度黄疸、硬肿症、败血症、重症
肺炎
、坏死性小肠结肠炎、新生儿破伤风、
肝炎
综合症、脓胸、毒品戒断综合症、各型呼吸衰竭、心功能衰竭、弥漫性血管内凝血、休克、极低出生体重儿（最轻者仅740克）等。 新生儿疾病病情隐匿、多变、易变、易误诊、易加重、治疗困难等，若非专业有素的技术力量和先进的专科抢救设备，在基层和非专科医院贸然诊治高危新生儿往往造成不该发生的残疾和死亡，为了避免如此情况发生，新生儿科设立惠州市第一个新生儿转运中心，配有专用救护车，进口先进转运暖箱、输液泵、脉搏氧饱和度监测仪、吸引器、复苏器、气管导管等全套窒息复苏设备，组成了一个流动的抢救单元，能对各种危重新生儿病人实施现场抢救及转运。新生儿转运中心全天24小时随叫随到。并向社会承诺不论何种新生儿疾病患者，该中心在接到电话(0752-2288516)即派出经验丰富的医护人员以最快的速度到达现场进行抢救和转运。同时,设立新生儿随防门诊，对出院婴儿进行神经、生长、视力、听力等监测。
儿科二区床位编制：40＋6（重症病房）张。医护人员：27人。科室正副主任：主任：何颖慧,副主任：余蓉,护士长：彭素近。技术职称人数：主任医师：1人，副主任医师：3人，主治医师：1人，住院医师：3人；副主任护师：2人，主管护师：5人。
收治疾病范围：呼吸系统：上呼吸道感染、支气管炎、支气管
肺炎
、
哮喘
及
哮喘
持续状态、脓胸脓气胸、气管异物术后监护、感染性喉炎、喉支气管炎等。神经系统：颅内感染、感染性多发性神经炎、颅内出血、小儿癫痫及癫痫持续状态、瑞氏综合征、肌炎、脑性瘫痪、惊厥、脑发育不全、中枢性及外周性面瘫、儿童多动症、儿童抽动症等。消化系统：腹泻病、胃炎和消化道溃疡、胃食管反流、消化道出血、急性坏死性小肠结肠炎、肠套叠（空气灌肠M手术）复位后监护等。急危重症：急性颅高压、各型呼吸衰竭、急性呼吸窘迫综合征、急性心力衰竭、高血压脑病、休克、弥漫性血管内凝血(DIC)、急性肺出血、败血症、糖尿病酮症酸中毒、小儿各种手术后复苏、心肺脑复苏、电解质紊乱、心律失常等。中毒意外：各类中毒、毒虫咬伤、煤气中毒、电击伤、溺水等。心血管系统：病毒性心肌炎、各种心律失常。内分泌疾病：糖尿病、甲状腺功能减低症等。专科特色：呼吸系统：拥有设备齐全的雾化吸入治疗室，有受过专业雾化吸入治疗培训的医师3人，护士2人。 神经系统：开展儿童智商测定4年。开展小儿多动症、抽动症专科门诊3年，有经过专业培训的高级职称医生主诊。
设备：儿童智商测试仪1台、多功能心电监护仪4台、复苏器、气管导管等全套窒息复苏抢救设备、除颤仪、微量输液器及输液泵共8台以及吸引器、心电图机1台、微量血糖测定仪1台、空气压缩雾化吸入泵4台、超声雾化器6台、肺部微波治疗仪。
惠州市中心人民医院第一分院儿科三区于2007年12月12日开科。位于人口密集的下浦横江四路8号，数码街旁。面积750平方米，共设30张病床，其中13间A级双人套房，环境舒适、温馨。病区拥有雄厚的医疗技术力量，其中高级职称人员4名，中级职称人员3名，任职的医护人员均有丰富的临床经验，同时投入近百万元配置了呼吸机、多功能监护仪、温箱、蓝光治疗仪、注射输液泵等一批先进的抢救治疗设备。
儿科三区是儿科综合病区，收治小儿血液、肾脏、内分泌、结缔组织病、心理、神经、呼吸系统疾病。技术力量雄厚，现有主任医师1人、副主任医师3人、主治医师1人、住院医师2人、硕士研究生2人、主管护理师4人。编制床位32张，无菌层流床2张。为惠州市唯一的小儿血液、肾脏、内分泌疾病治疗中心，重点诊治小儿白血病、再生障碍性贫血、难治性特发性血小板减少性紫癜、难治性肾病综合征、血尿、心理行为障碍、生长迟缓、性早熟、川崎病、
哮喘
等疑难疾病及各系统的常见病、多发病，均有相应专业的高级职称医师主诊各系统疾病。对各系统疾病有相应的专科护理特色，已开展PICC新技术。