惠州市第三人民医院胃肠外科的前身是胃肠肛肠外科，是我院最早成立的科室之一。2015年普通外科分设为胃肠肛肠外科、肝胆甲状腺外科及乳科外科，分科后的胃肠肛肠外科发展迅速，目前科室设有胃肠诊疗组、疝与腹壁外科组及肛肠诊疗中心。

全科收治胃结直肠癌、疝与腹壁外科疾病、肛肠良恶性疾病及普外科急危重疾病等。科室在诊疗水平上全方面与省级水平接轨：常规开展腹腔镜胃癌、结直肠癌根治手术，有指征的部分病例开展腹腔镜腹壁无疤痕经自然腔镜出标本手术（Noses手术）和腹腔镜超低位直肠癌保肛根治手术TaTME术式，同时结合ERAS（快速康复理念）治疗，让消化道肿瘤患者手术创伤更小、恢复速度更快；成立胃癌、结直肠癌MDT团队，为消化肿瘤患者诊疗设计最合理治疗方案。

疝与腹壁外科全面开展相关手术，如腹腔镜TEP术、TAPP术，单孔TEP术、腹腔镜食管裂孔疝修补+胃底折叠术、IPOM术等。肛肠外科组成立肛肠疾病诊疗中心，学科打造肛肠疾病一站式服务，开展日间手术，发展目标为惠州市最具特色的肛肠疾病诊疗中心。科室常规开展普通外科最顶尖、最具难度的手术：全腹腔镜下胰十二指肠切除术。开展腹腔镜胃减容手术（减肥手术）。此外，科室负责城区急危重病患抢救，成功率高，大部分急危重病例实现抢救手术微创化。