皖南医学院弋矶山医院儿科是早期设立的科室之一，其前身是妇幼科，最早的妇幼科主任是儿科学奠基人之一的陈翠贞教授，后调任上海第一医学院（现在的复旦大学医学院），任儿科医院院长，主持创办了“中华儿科杂志”。

鲍兰芬主任历任安徽省儿科学会常委；杨月如主任历任安徽省医学会常委；周名雄原常务副院长现任安徽省医学会常委、安徽省儿科学会副主任委员；茅双根主任现任安徽省儿科学会常委、安徽省变态反应学会副主任委员。儿科现有医师32人，护士40人，其中主任医师8人，副主任医师7人，主管护师5人，硕士学位10人，硕士生导师6人。

现有病床97张，拥有设备完善的新生儿病房及NICU（30张）、PICU（5张）和小儿哮喘门诊、小儿心血管门诊、“矮小症”门诊、小儿神经康复、儿童保健门诊及小儿血液病门诊等。年门急诊人次73520，年住院人次4630，年抢救治疗危重病人1260人，抢救成功率99.2%。2005年开始常规开展小儿先天性心脏病（PDA、ASD、VSD）的介入治疗，具有损伤小、恢复快等优点。

2003年设立“小儿哮喘门诊”，采用“全球哮喘防治的创议（GINA）”方案防治哮喘并进行咨询服务，能进行肺功能测定及哮喘雾化治疗，年治疗小儿喘息性疾病2860例。常规开展小儿矮小症、性早熟的诊治工作，年诊治病人149例。儿童重症监护病房（PICU），省内为数不多的几家，常规收治儿童危重病人。

年收治儿童危重病人86例，治愈好转率96.5%。常规开展了小儿白血病规范化诊疗工作，初治缓解率几乎100%。常规开展小儿神经康复工作，常规检测0-6岁小儿神经发育情况，专人指导早期神经康复。