南昌大学第二附属医院儿童眼科前身系南昌大学第二附属医院儿童眼科，创建于1993年，是江西省最早的诊治儿童眼病的特色科室，也是综合性省级公立三级甲等教学医院唯一的儿童眼科，江西省领先学科，是江西省儿童青少年近视防控中心挂靠单位，成立南昌大学儿童眼病研究所，是集医疗、科研和人才培养三位一体，并拥有一支集临床医生、专业技师、专科护士于一体的高水平的儿童眼科专业临床学术队伍。

诊治水平一直处于江西省领先地位，跨入国内先进行列。科室现有医师11人，主任医师2人，副主任医师5人，其中博士研究生导师1人，硕士研究生导师4人，拥有博士学位5人，硕士4人，在读博士1人，专科护理人员及视光专业人员29人，专业人才配备完善。

儿童眼病科门诊量和手术量均居江西省之首，年门诊人次逾15万，年住院病人3000余人，年均手术量逾2000余台，各种类型的斜视矫正手术达1200余台。

改良斜视矫正术获得江西省科技进步奖，特殊类型斜视手术治疗获得江西省高等学校科技成果奖，外斜视V征的手术治疗、改良额肌瓣悬吊术治疗儿童先天性重度上睑下垂、外斜多焦视觉诱发电位的研究经同行专家评议，达国内先进水平。

科室在省内率先开展斜视，弱视的诊断治疗，近视防控，垂直斜视的矫正及各种特殊类型斜视的矫正、改良额肌瓣悬吊术、儿童白内障人工晶体植入术、儿童抗青光眼手术、早产儿视网膜病变的诊治，并保持省内领先水平，处于国内先进水平。

科室承担科研课题30余项，已结题的省厅级课题20余项，并在国家级和省级刊物上发表论文70余篇，其中11篇论文SCI收录，30余篇发表在核心期刊。儿童眼科培养研究生，规培生，进修生100余名，为江西省儿童眼病的发展输送大量的人才。

科室拥有诊治各种儿童眼病的先进设备，并设立专门的儿童青少年近视防控室，进行近视防控的宣传教育及普及工作。1999年，儿童眼科成为国内首批开展角膜塑形镜的验配防控近视的单位，并于2015年率先开展低浓度阿托品对近视的防控，获得科研立项，帮助了数以万计的仅是孩子获得明亮的眼眸。