南昌大学第二附属医院移植科是江西省最早开展器官移植工作的医疗机构之一，分别在1993年开展肾移植、2000年开展肝移植、2002年开展心脏移植。

2010年10月成为全国首批DCD来源的器官移植试点建设单位，2011年6月成为心脏死亡捐献器官移植试点单位。2014年3月3日成立器官移植科，并创建了器官获取组织（OPO）。

2014年7月8日，医院及OPO取得中国人体器官分配与共享系统（COTRS）认证并开通账户，器官移植科按国家开展人体器官移植的诊疗技术规范和要求，进行病区建设和人员培训，共有医护人员25人，其中移植组21人，专职器官捐献协调员4人，拥有床位数35张，设置移植ICU（床位数6张），配置人工肝、持续性血液净化、ECMO、Lifeport、转运呼吸机、便携式彩超、便携式脑功能判定仪等所有器官捐献与移植必须拥有的设备。

制定了《南昌大学二附院器官捐献与移植工作手册》，手册包含器官捐献与移植的法规、制度、职责、标准、技术规范和质量控制。

2014年11月29日开始实施公民逝世后捐献器官的肝脏、肾脏移植手术，2015年3月24日按国家卫计委要求暂停器官移植手术继续开展OPO工作，期间共完成肾脏移植22例，肝脏移植1例，并取得良好的临床效果。

2015年初省卫计委向国家卫计委申报南昌大学二附院肝脏、肾脏移植手术资质，经国家卫计委初步审核，于2017年4月11日，国家卫计委医政医管局组织以郑树森院士为组长的专家组对医院进行现场评审，评审结果完全符合中国人体器官移植手术资质准入的标准，全票通过。

2018年1月16日，国家卫计委发文认定医院具备肝脏移植、肾脏移植手术资质，成为我国具有器官移植手术资质的医疗机构新成员。