井冈山大学附属医院胸外科，是医院重点建设科室，科室配备先进的诊断及治疗设备。现有主任医师2人，硕士5人，专科护士16名。
科室业务范围主要为胸外科、血管外科、心脏外科、胸腔镜手术、腔内血管外科技术，胸外科的综合治疗水平在吉安市处于领先地位，科室以腔镜与介入微创为特色，胸部肿瘤如肺癌、食管癌、乳腺癌等开展了以手术、立体定向放疗、化疗（含新辅助化疗及术后化疗）、靶向治疗、调节免疫等五位一体的综合治疗，重度胸部创伤及胸腔联合伤等的救治具有较高成功率。
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