福建省南平市第二医院病理科拥有高级Olympus显微镜、Shandon切片机、壮航病理电脑管理系统、国产自动脱水机、包埋机等现代化病理设备。承担全院的病理检验及部分其他医院外检标本检验工作，是南平市医疗纠纷的定点尸检单位也是南平市各级医院中最先开展免疫组织化学的科室之一。
福建省南平市第二医院病理科目前开展了免疫组织化学项目50多项，与各临床医技科室协作开展科研活动，参加南平市科研项目5项，荣获南平市科技进步奖3项，撰写发表学术论文15篇，其中3篇在中华系列杂志上发表。该科主任杨军是福建省病理学会委员，兼南平病理学会常委、南平市质量小组成员、闽北卫校的外聘病理教师，历年来，为闽北基层医疗单位培养了大批的病理检验人员。
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