山东大学齐鲁医院眼科创立于五十年代初期，是我国较早独立出来的眼科专业科室，当时为齐鲁医学院附属医院眼科，由留英博士孙桂毓教授任首届眼科主任。
经过五六十年的发展，齐鲁医院眼科先后成立了眼科门诊、眼科病房、眼科教研室和眼科实验室，发展至今，眼科横跨白内障、青光眼、角膜病、视光学、玻璃体及视网膜病、斜视与小儿眼科、眼外伤、眼部整形及美容等多个专业。由最初的每日门诊量二三十人逐步发展到现在的年门诊量六万多人次，年住院病人千余人。
眼科具有高素质的医师队伍，目前在职主任医师9人，副主任医师2人，主治医师2人，住院医师4人，另有3名退休主任医师返聘。具有博士学位者6人，硕士学位者8人，学士学位者3人，其中有6名医师曾在国外留学工作。
在历届院领导、眼科负责人及眼科医师的共同努力下，眼科发展迅速，不论是临床医疗水平、还是诊疗仪器设备，均保持国内先进水平。眼科学术带头人吴欣怡教授被评为山东省首届杰出医学学科带头人，山东省医药卫生领军人物。眼科各个专业都有了突飞猛进的发展。
眼底病专业：１９５４年，眼科在省内率先开展了多种视网膜复位手术包括视网膜脱离巩膜板层切除术、视网膜脱离电凝术、巩膜外环扎术、巩膜板层内压填术。１９５８年首先使用眼底照相机。
１９７２年开展红宝石激光视网膜脱离封洞术，１９８４年开设了眼底病-视网膜脱离专业门诊，将荧光血管造影术用于眼底病的诊断，极大地促进了眼底病专业的快速发展。目前，外路视网膜复位术、玻璃体切割手术以及内外路联合手术已广泛应用于临床，最新的光动力学激光（PDT）治疗黄斑及黄斑下病变已全面开展。
新型的数字眼底荧光造影仪、眼底多波长固体激光、光学相干断层扫描仪使得各种眼底病患者可以得到全方位的诊断和治疗。
白内障专业：１９５９年齐鲁医院眼科即在省内率先成功开展了白内障囊内摘除术，１９６５年自己研制的白内障囊内摘除器成功并用于临床，开展白内障冷冻摘除术，１９６７年开展白内障针拨术，１９７８年首先实施了前房型人工晶体植入术，１９８８年开始实行白内障囊外摘除加人工晶体植入术，使白内障的手术治疗趋于成熟。
１９９５年购置了超声乳化仪，开展白内障超声乳化加人工晶体植入术，提高了手术安全性，改善了手术效果，使白内障的治疗进入一个崭新的阶段，IOLMaster全自动人工晶体测量仪使人工晶体的测量更为精确。目前，透明角膜切口、折叠式人工晶体、悬吊式人工晶体、多焦人工晶体、带虹膜隔人工晶体等新技术新材料已在眼科全面开展应用。
青光眼专业：１９６０年齐鲁医院眼科开设了省内第一家青光眼专业门诊，并以房角镜检查为基础进行青光眼分类治疗。率先开展眼压描计检查、ＴＢＣ视野检查、非接触眼压计和角膜厚度前房测深检查，探索并成功地实施了青光眼灼漏术、青光眼巩膜瓣下小梁咬切术。
１９８７年在省内首先开展先天性青光眼外路小梁切开术和巩膜瓣下小梁切除术取得显著疗效，同年应用氩激光于小梁成型术，睫状体冷冻应用于治疗新生血管性青光眼。目前以调节缝线和丝裂霉素C联合应用的复合式小梁切除术大大降低了青光眼的术后并发症，更有利于视功能的恢复。
同时，YAG激光虹膜周切术、810激光睫状体光凝术以及SLT激光小梁成形术的应用极大地方便了患者，既降低了医疗费用又减轻了患者痛苦。
小儿眼科与斜视专业：１９６１年在省内首先开设眼肌专业门诊，开展同视机检查、小儿弱视训练、麻痹性斜视手术治疗。１９８３年将肌电图用于麻痹性斜视的检查，１９９２年在国内率先开展了Ａ型肉毒杆菌毒素治疗斜视和眼睑痉挛，取得了极大成功。
斜视弱视的治疗是齐鲁医院眼科的强项，如斜肌手术、超大量手术等都是在国内率先开展的，目前拥有全方位的同视机检查仪、Worth四点灯检查仪、三棱镜检测仪等，数万儿童在这里恢复了正常视功能。
角膜病专业：目前感染性角膜溃疡的诊断和治疗水平已居全国领先，高危角膜移植手术（包括霉菌性角膜溃疡、前房积脓性角膜炎的角膜移植术等）的成功实施为众多角膜病患者复明带来了希望。角膜涂片检测、角膜共焦活体显微镜检查、角膜营养不良的基因诊断都已全面开展，人工角膜材料的研制开发为解决角膜来源匮乏提供了极大可能。
视光学专业：１９９１年首先开展了放射状角膜切开术、后巩膜加固术，１９９４年成立全国第二家激光近视治疗中心，在省内率先开展了准分子激光角膜切削术（ＰＲＫ），１９９６年在国内率先开展了原位角膜磨镶术（ＬＡＳＩＫ），１９９８年又引进美国ＳＵＭＭＩＴ第五代产品，不但能治疗近视或近视散光，还能治疗远视和远视散光，在屈光不正的治疗方面处于国内领先水平。
另外齐鲁医院眼科在泪道疾病、眶内肿瘤、眼部整形方面均有丰富的临床经验。新型泪道探通引流装置的研发和应用解除了泪道疾病患者的痛苦，并获得了国家专利
山东大学齐鲁医院眼科拥有全面的先进诊疗仪器及设备，除常用的手术显微镜、眼科A/B超、间接眼底镜、同视机等必备装备外，还配备了白内障超声乳化机、Accurus高速玻璃体切割机以及多波长固体眼底激光、YAG激光、810激光等先进治疗仪器。
同时拥有数字眼底荧光造影仪、全自动电脑视野计、眼底断层扫描仪（ＨＲＴⅡ）、光学相干断层扫描仪（ｓｔｒａｔｕｓ－ＯＣＴ）、全自动非接触式角膜内皮细胞仪、IOLMaster人工晶体测量仪、角膜共焦活体显微镜等最新检查仪器。对各种眼部疾病进行全方位的诊治。
作为教学医院的一门科室，眼科于１９５３年即成立眼科教研室，一直承担着学校医学院、护理学院、医学英语班、七年制以及巴基斯坦班的眼科学的讲授和见习、实习工作。１９７８年被授予硕士学位授权点２００１年被授予博士学位授权点，现有博士研究生导师1人，硕士研究生导师9人。
已培养硕士研究生逾百名，博士研究生数十名。录取专业包括视光学、白内障、角膜病、斜视与小儿眼科、青光眼、玻璃体和视网膜病，眼科还采取讲课与临床实践相结合的方式培训省内外进修医师，共培养了4００多名眼科专业进修人员。
同时，山东大学齐鲁医院眼科承担着多项科研任务，包括国家自然科学基金、教育部留学基金、山东省自然科学基金、省科技攻关基金、省优秀中青年科学家科研奖励基金、卫生厅科技发展基金等数十项科研项目，获国家级、省级科研成果奖18项。科研论文发表于众多国内外核心期刊SCI收录期刊，主编专著５部，参编著作１２部。
近年来有９项新技术、新项目的开展受到医院奖励。