首都儿科研究所附属儿童医院普外科，是由中国小儿外科创始人，中国工程院院士张金哲教授在国内最早建立的专业，国内最早的儿科学硕士、博士学位授予单位和博士后流动站。承担北京市自然科学基金课题、国家自然科学基金课题和国家攻关课题等科研课题的研究，科研成果多次获北京市科技进步奖、卫生部科技奖及宋庆龄儿科医学奖等奖项。主编《张金哲小儿外科学》、《小儿腹部外科学》、《小儿门诊外科学》及《实用小儿外科新型手术图解》等专著。

北京儿童医院小儿外科是国家临床重点专科，而普外科是小儿外科的重要组成部分。国内最具权威的《中国医院专科声誉排行榜》自建立以来，北京儿童医院小儿外科一直在全国排名第一，既是临床和科研实力的体现，也是同行以及患儿家长的赞誉和信任。

普外科是北京市重点学科，博士生导师陈亚军教授为学科带头人，目前在职高级职称医师7人，中级职称医师2人，每年在读研究生、博士生3-5人，开放床位27张。先天性肛门直肠畸形、先天性胆总管囊肿、胆道闭锁、门脉高压以及小儿腹部外科复杂疑难病症的诊治是普外专业组的临床工作重点，承接外院术后严重并发症以及多次手术效果不佳患儿的诊疗，是小儿复杂肛门直肠疾病、胃肠疾病、肝胆疾病攻坚的最后一站。